PDB-7nbc: Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nbc

タイトル

Crystal structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z2856434779, XChem fragment screen.

要素

Serine racemase

キーワード

ISOMERASE / Racemase / XChem / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Koulouris, C.R. / Roe, S.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.

履歴

登録	2021年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7nbc.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nbc_validation.pdf.gz	785.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nbc_full_validation.pdf.gz	806.8 KB	表示
XML形式データ	7nbc_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	7nbc_validation.cif.gz	84 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zspC 6zujSC 7nbdC 7nbfC 7nbgC 7nbhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nbg-1 7nbd-1 6zuj-1 7nbf-1 2brv-d 1n7n-d 3b8v-1 5jy8-d 3b8w-1 6r7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Serine racemase

BBB: Serine racemase

CCC: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Serine racemase

CCC: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Serine racemase

DDD: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.150, 154.860, 85.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase 分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

#1: タンパク質

Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase

分子量: 37455.863 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 9種, 905分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₀NO₆P 詳細: Cofactor pyridoxal-5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to lysine 56 参照: serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-BP4 / biphenyl-4-ylacetic acid / フェルビナク分子量: 212.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM MES pH 6.2 100 mM calcium chloride 5% ethylene glycol 20% PEG Smear Broad

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→77.6 Å / Num. obs: 130785 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6420 / CC_1/2: 0.305 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZUJ

6zuj

解像度: 1.71→77.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.663 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	6527	4.992 %
R_work	0.1744	124213	-
all	0.176	-	-
obs	-	130740	98.094 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.375 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.361 Å²	0 Å²	0.225 Å²
2-	-	0.417 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.115 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→77.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9507	0	136	867	10510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	10532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.627	14460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.459	5	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.742	24.338	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.537	15	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.903	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.165	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.483	2.55	5507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.493	3.799	6997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.924	2.759	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.003	4.068	7463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.728	49.667	52847

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.754	0.325	453	0.32	9070	X-RAY DIFFRACTION	97.233
1.754-1.802	0.298	456	0.307	8913	X-RAY DIFFRACTION	97.5531
1.802-1.855	0.282	480	0.267	8629	X-RAY DIFFRACTION	97.5372
1.855-1.912	0.27	424	0.238	8417	X-RAY DIFFRACTION	97.9829
1.912-1.974	0.224	431	0.212	8159	X-RAY DIFFRACTION	97.9811
1.974-2.044	0.225	420	0.2	7927	X-RAY DIFFRACTION	98.0846
2.044-2.121	0.211	412	0.185	7643	X-RAY DIFFRACTION	98.2557
2.121-2.207	0.203	362	0.171	7401	X-RAY DIFFRACTION	98.4028
2.207-2.305	0.192	395	0.16	7096	X-RAY DIFFRACTION	98.4621
2.305-2.418	0.199	367	0.159	6738	X-RAY DIFFRACTION	98.3391
2.418-2.548	0.191	344	0.161	6444	X-RAY DIFFRACTION	98.7776
2.548-2.703	0.208	312	0.165	6121	X-RAY DIFFRACTION	98.954
2.703-2.889	0.191	299	0.156	5736	X-RAY DIFFRACTION	98.8048
2.889-3.12	0.202	290	0.159	5357	X-RAY DIFFRACTION	98.8102
3.12-3.418	0.203	272	0.158	4927	X-RAY DIFFRACTION	98.6153
3.418-3.82	0.171	251	0.15	4405	X-RAY DIFFRACTION	98.3939
3.82-4.41	0.149	191	0.136	3953	X-RAY DIFFRACTION	97.9437
4.41-5.397	0.168	170	0.15	3299	X-RAY DIFFRACTION	97.6908
5.397-7.618	0.226	139	0.201	2538	X-RAY DIFFRACTION	97.3101
7.618-77.4	0.201	59	0.188	1440	X-RAY DIFFRACTION	96.6473

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1568	-0.242	-0.0047	0.9898	0.352	2.0053	0.0909	0.0898	0.1004	-0.2713	-0.0088	-0.0377	-0.0765	0.0329	-0.0821	0.0802	0.0181	0.023	0.0547	0.021	0.0572	-9.0966	-16.3008	28.4017
2	0.4083	0.0853	-0.0021	0.4119	0.068	0.2681	0.0206	-0.0169	-0.0315	0.0126	0.0043	-0.0695	0.0041	-0.0071	-0.0248	0.0356	0.0042	0.0073	0.0219	0.0143	0.069	10.428	-25.921	42.1801
3	3.9102	1.9625	-0.4733	1.3228	-0.2085	0.0911	0.4011	-0.4661	-0.1714	0.6032	-0.3729	-0.1118	-0.0417	-0.0199	-0.0282	0.5293	-0.145	-0.0192	0.24	0.1039	0.0494	-16.2452	-69.823	87.8217
4	0.4142	-0.0874	-0.1002	0.8518	0.0779	0.486	0.0004	0.0035	0.0481	0.0321	0.0086	-0.1402	0.0575	-0.0231	-0.0089	0.0697	0.0085	-0.0035	0.0248	0.0049	0.0281	5.9827	-60.6386	79.3373
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0677	0	0	0.0677	0	0.0677	0	0	0
6	0.5307	0.1512	-0.0797	0.5891	-0.1402	0.2372	-0.0201	0.029	0.0822	0.0295	0.026	0.0928	0.0313	-0.0012	-0.0059	0.0708	-0.01	0.0056	0.0072	0.0041	0.045	-5.2779	-57.8641	41.6952
7	2.2704	1.1143	0.0413	1.5458	0.3011	1.7539	0.378	-0.1151	0.1695	0.4616	-0.2602	0.1206	0.0711	0.0517	-0.1179	0.1401	-0.08	0.0422	0.0715	-0.0369	0.0329	10.2379	-19.2623	89.6697
8	0.5788	-0.105	-0.0907	0.4163	-0.1278	0.541	0.0171	-0.009	-0.0232	0.0027	-0.0107	0.0551	0.0095	-0.0101	-0.0064	0.0318	-0.0046	0.0164	0.051	-0.0164	0.0321	-10.1297	-29.0483	75.8806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	77 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	7 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	157 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	307 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	77 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	7 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	157 - 295
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	307 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	BBB	77 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	7 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	157 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	307 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	DDD	77 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	7 - 55
15	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	157 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	307 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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