PDB-7n7s: Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Eli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n7s

タイトル

Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Elizabethkingia anophelis NUHP1

要素

Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / HGM-CoA reductase / Elizabethkingia anophelis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n7s.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n7s.ent.gz	800.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n7s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7n7s_validation.pdf.gz	533.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n7s_full_validation.pdf.gz	546 KB	表示
XML形式データ	7n7s_validation.xml.gz	93.1 KB	表示
CIF形式データ	7n7s_validation.cif.gz	133.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7s	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6tp3-d 1w7c-d 6tos-d 3pgb-d 1rky-d 7k0k-d 6tq7-d 2w54-2 6uek-2 6tp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

B: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

C: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

D: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

E: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

F: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

ヘテロ分子

311 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

B: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

E: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

F: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	183.850, 206.670, 90.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase 分子量: 50875.684 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア) 遺伝子: BD94_0681 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EA44
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Anatrace / Calibre Top96 screen, condition F1: 200 mM potassium sodium tartrate, 100 mM sodium citrate / citric acid pH 5.6, 2 M ammonium sulphate: ElanA.19063.a.B1.PS38245 at 23.3 mg/ml: ...詳細: Anatrace / Calibre Top96 screen, condition F1: 200 mM potassium sodium tartrate, 100 mM sodium citrate / citric acid pH 5.6, 2 M ammonium sulphate: ElanA.19063.a.B1.PS38245 at 23.3 mg/ml: tray 290979 F1: cryo: 25% EG: puck ywm0-9.

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Anatrace / Calibre Top96 screen, condition F1: 200 mM potassium sodium tartrate, 100 mM sodium citrate / citric acid pH 5.6, 2 M ammonium sulphate: ElanA.19063.a.B1.PS38245 at 23.3 mg/ml: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月7日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 135029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.357 % / B_iso Wilson estimate: 45.851 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 19.24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	8.453	0.56	3.92	9870	0.899	0.596	100
2.46-2.53	8.449	0.446	4.88	9639	0.933	0.475	100
2.53-2.6	8.437	0.386	5.62	9384	0.949	0.411	100
2.6-2.68	8.435	0.342	6.37	9130	0.959	0.365	100
2.68-2.77	8.424	0.26	8.22	8829	0.976	0.277	100
2.77-2.87	8.422	0.214	9.94	8539	0.984	0.228	100
2.87-2.98	8.399	0.177	11.79	8300	0.988	0.189	100
2.98-3.1	8.401	0.144	14.15	7942	0.992	0.153	100
3.1-3.24	8.368	0.109	18.05	7661	0.995	0.116	100
3.24-3.39	8.381	0.086	22.16	7294	0.996	0.092	100
3.39-3.58	8.37	0.072	25.86	6965	0.998	0.077	100
3.58-3.79	8.367	0.061	29.44	6639	0.998	0.065	99.9
3.79-4.06	8.355	0.053	33.38	6194	0.998	0.056	100
4.06-4.38	8.346	0.045	37.9	5812	0.999	0.048	100
4.38-4.8	8.312	0.042	39.91	5377	0.999	0.045	100
4.8-5.37	8.281	0.042	39.71	4872	0.999	0.045	100
5.37-6.2	8.223	0.045	37.98	4314	0.999	0.048	100
6.2-7.59	8.117	0.042	39.89	3707	0.999	0.045	100
7.59-10.73	7.91	0.036	46.78	2901	0.999	0.039	100
10.73-50	7.081	0.036	45.53	1660	0.999	0.039	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 4224	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 5wpjA as per Morda

解像度: 2.4→49.26 Å / SU ML: 0.2048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1876	1956	1.45 %	0
R_work	0.1532	133056	-	-
obs	0.1537	135012	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18621	0	302	1222	20145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	19485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7012	26461
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	2945
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	3398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2806	7021

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.2126	122	0.1879	9418	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.46-2.53	0.2245	156	0.1788	9399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.6	0.2036	133	0.1824	9420	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.6-2.68	0.2503	131	0.1867	9410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.78	0.2179	141	0.1737	9388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.89	0.2094	123	0.1743	9475	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.89-3.02	0.2336	139	0.1834	9429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.18	0.2259	137	0.1853	9466	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.18-3.38	0.1934	155	0.1652	9462	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.38-3.64	0.2025	154	0.1573	9478	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.64-4.01	0.1791	150	0.1405	9504	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.01-4.59	0.1289	156	0.116	9561	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.59-5.78	0.1659	115	0.1245	9683	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-49.26	0.1784	144	0.1512	9963	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.47930112627	0.287466872917	-0.0953970501367	0.615108214132	-0.116831000148	1.14522355161	-0.00630825628739	0.0349639894655	0.245732771898	0.11746798842	0.0167415942798	-0.151239048209	-0.195152769305	0.219517786316	0.000879630657971	0.377019771031	-0.024069588812	-0.134609679306	0.401605761847	-0.0189401184813	0.443461324196	105.468142909	72.2463512864	48.2525842726
2	2.64197160414	0.728192649246	0.48273211692	3.80521984766	1.34202128442	2.16452891123	-0.10008422736	0.318291393299	-0.0719575658817	-0.0549984842455	0.197024078077	-0.281440122938	-0.0574861176686	0.434918266801	-0.0941821168028	0.210411759337	-0.0177942554264	-0.0449805858062	0.371169671048	-0.0142770750554	0.26434467526	95.2751688848	42.8583270232	27.3867148992
3	3.51989180303	-0.0404968980258	-0.102739576206	1.11116737706	0.108417524403	1.51176105524	-0.0182114615143	-0.230765441366	0.186804273893	0.071502168328	0.0253812826733	0.122338096347	-0.033205723213	-0.225373575388	-0.0236600237706	0.282461261706	-0.00803431382852	-0.10405668493	0.320059832637	-0.0251798830997	0.301105139809	84.5260752946	64.2687851178	52.4972295816
4	0.700111566855	-0.209708345376	0.209618588479	0.765631545608	-0.420161694281	1.18792911812	-0.0554052671059	-0.035877845402	0.10868288465	-0.0380728341641	0.102713954692	0.0267156431681	-0.0596115627694	-0.239736646141	-0.047828200397	0.35608385512	0.0572900510738	-0.036783403094	0.35190812945	0.090228218716	0.398598682931	35.1379357552	91.2225706732	10.4842161846
5	3.54100386208	-0.967553311593	-0.0484489578685	1.41659008601	0.687058325324	1.49638060487	0.0511174097098	0.202079638565	0.525868763048	-0.0619836901978	-0.10277376002	-0.213113098804	-0.267901239178	0.122332547194	0.0435194655146	0.433158127484	-0.054145391128	-0.110994396731	0.360766580735	0.132947177301	0.499695068425	71.6876530968	91.3281660524	17.4536390766
6	2.61604454307	-0.498134024491	-1.31116192025	1.00287717662	-0.543035366811	2.55120468445	-0.123857293562	0.068449089346	0.320246638859	0.0356466217846	0.150705492865	-0.0303213133545	0.164560400687	-0.0626552504305	-0.0319131182466	0.370338172329	0.0104283739784	-0.117098820579	0.297104540976	0.0213205026128	0.34149059202	58.345702568	83.0191681313	24.8489235172
7	1.78810328718	-0.935994440512	0.299965437143	2.77948264166	-0.430077865331	1.61751960643	-0.139590792318	-0.306966456715	-0.0639256772765	0.347381667737	0.201040052702	0.0854302615013	-0.0054901673836	-0.156989101157	-0.0467582325283	0.297900054086	0.0417799331349	-0.0690826989176	0.341838920796	0.0727358505514	0.297229905328	42.6045467029	81.1268223443	28.1899662139
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20	3.29184384169	-1.05421678839	0.472065734441	2.1581510499	-0.564488682482	1.66405542694	0.0637084509035	0.177389349883	0.156557583946	-0.207476632687	-0.114218382276	-0.293827405751	0.0779361509271	0.197436005166	0.0242783836411	0.332604585775	0.0163522540122	-0.0263950844224	0.245712561467	0.0951848726367	0.361848572067	51.2757794689	76.4588819768	3.69688400917

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 2 through 114 )	D	D	2 - 114	1 - 113
2	2	chain 'D' and (resid 115 through 235 )	D	D	115 - 235	114 - 234
3	3	chain 'D' and (resid 236 through 390 )	D	D	236 - 390	235 - 389
4	4	chain 'E' and (resid 2 through 114 )	E	E	2 - 114	1 - 113
5	5	chain 'E' and (resid 115 through 210 )	E	E	115 - 210	114 - 209
6	6	chain 'E' and (resid 211 through 256 )	E	E	211 - 256	210 - 255
7	7	chain 'E' and (resid 257 through 390 )	E	E	257 - 390	256 - 389
8	8	chain 'F' and (resid 2 through 235 )	F	F	2 - 235	1 - 234
9	9	chain 'F' and (resid 236 through 390 )	F	F	236 - 390	235 - 389
10	10	chain 'A' and (resid -3 through 114 )	A	A	-3 - 114	1 - 118
11	11	chain 'A' and (resid 115 through 235 )	A	A	115 - 235	119 - 239
12	12	chain 'A' and (resid 236 through 390 )	A	A	236 - 390	240 - 394
13	13	chain 'B' and (resid 2 through 156 )	B	L	2 - 156	1 - 155
14	14	chain 'B' and (resid 157 through 235 )	B	L	157 - 235	156 - 234
15	15	chain 'B' and (resid 236 through 256 )	B	L	236 - 256	235 - 255
16	16	chain 'B' and (resid 257 through 364 )	B	L	257 - 364	256 - 363
17	17	chain 'B' and (resid 365 through 407 )	B	L	365 - 407	364 - 406
18	18	chain 'B' and (resid 408 through 442 )	B	L	408 - 442	407 - 441
19	19	chain 'C' and (resid 2 through 235 )	C	U	2 - 235	1 - 234
20	20	chain 'C' and (resid 236 through 390 )	C	U	236 - 390	235 - 389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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