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Yorodumi- PDB-7n7s: Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Eli... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n7s | ||||||
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Title | Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 | ||||||
Components | Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / HGM-CoA reductase / Elizabethkingia anophelis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 Authors: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n7s.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n7s.ent.gz | 800.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n7s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7n7s_validation.pdf.gz | 533.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7n7s_full_validation.pdf.gz | 546 KB | Display | |
Data in XML | 7n7s_validation.xml.gz | 93.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7n7s_validation.cif.gz | 133.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50875.684 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) Gene: BD94_0681 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A077EA44 #2: Chemical | ChemComp-CIT / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: Anatrace / Calibre Top96 screen, condition F1: 200 mM potassium sodium tartrate, 100 mM sodium citrate / citric acid pH 5.6, 2 M ammonium sulphate: ElanA.19063.a.B1.PS38245 at 23.3 mg/ml: ...Details: Anatrace / Calibre Top96 screen, condition F1: 200 mM potassium sodium tartrate, 100 mM sodium citrate / citric acid pH 5.6, 2 M ammonium sulphate: ElanA.19063.a.B1.PS38245 at 23.3 mg/ml: tray 290979 F1: cryo: 25% EG: puck ywm0-9. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2019 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 135029 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.357 % / Biso Wilson estimate: 45.851 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 19.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 5wpjA as per Morda Resolution: 2.4→49.26 Å / SU ML: 0.2048 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.2656 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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