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万見
- PDB-7n3j: E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, mutant Phe27CF3-Tyr/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3j
タイトルE. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, mutant Phe27CF3-Tyr/Phe98CF3-Tyr
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (プロリルイソメラーゼ) / Non-canonical amino acids (タンパク質を構成しないアミノ酸) / Trifluoromethyl-tyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated protein folding / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Otting, G. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL170100019 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP210100088 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Through-Space Scalar 19 F- 19 F Couplings between Fluorinated Noncanonical Amino Acids for the Detection of Specific Contacts in Proteins.
著者: Orton, H.W. / Qianzhu, H. / Abdelkader, E.H. / Habel, E.I. / Tan, Y.J. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J. / Huber, T. / Otting, G.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.32021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.52023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3432
ポリマ－38,3432
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.138, 39.216, 103.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 1 through 168)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 168 / Label seq-ID: 1 - 168

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2(chain B and resid 1 through 168)BB

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B / PPIase B / Rotamase B


分子量: 19171.328 Da / 分子数: 2 / 変異: F27CF3-Tyr, F98CF3-Tyr / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, プロリルイソメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Tris (pH 7.5-8.0), 34% PEG 3350, 200mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.42 Å / Num. obs: 18550 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.308 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.335 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 120749 / Scaling rejects: 740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.052.988801213340.61.3273.2770.898.9
8.94-34.420.09713802310.9850.0430.10611.197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NUL

2nul


解像度: 2→34.42 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 40.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 917 4.96 %
Rwork0.248 17577 -
obs0.2501 18494 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.15 Å2 / Biso mean: 59.7901 Å2 / Biso min: 20.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 0 20 2680
Biso mean---50.9 -
残基数----337
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1598X-RAY DIFFRACTION11.504TORSIONAL
12B1598X-RAY DIFFRACTION11.504TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.110.41431270.38952425255298
2.11-2.240.39141080.33982511261998
2.24-2.410.3476910.3162531262298
2.41-2.650.36011500.30342477262799
2.65-3.040.36131610.29542493265499
3.04-3.820.29091500.23962517266799
3.82-34.420.20371300.18542623275399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9946-1.6810.79835.94051.66773.59360.36080.81350.2229-0.7728-0.483-0.7852-0.13160.74190.27450.40440.09120.0020.86490.11530.262217.54371.794310.4239
20.78681.00920.07521.7570.96551.7920.29170.90320.2338-0.6528-0.38060.4268-0.1588-0.1644-0.00570.55150.1989-0.14440.77170.08560.24326.27695.65418.9945
32.01270.2941.30273.10351.61873.36060.28050.9936-0.099-0.4049-0.480.52720.13250.1790.20140.32120.1312-0.04160.4463-0.05910.23855.3017-3.857813.6808
46.7758-1.67561.98131.464-0.92357.54350.83581.0631-1.0181-0.672-0.42080.52250.9299-0.3897-0.46380.38690.2021-0.22030.5092-0.15010.44470.0867-12.08319.457
53.8998-2.5292-1.19437.14223.58426.7429-0.1890.12090.18790.8259-0.0881-0.66720.0870.58240.17360.43210.0226-0.11620.28180.04020.134312.88422.794422.2748
66.1974-1.16531.01513.128-0.46212.3195-0.00580.55391.11960.1615-0.2597-0.34140.20670.37760.24420.39990.0308-0.03950.41210.05720.33659.871410.438515.1299
74.87880.74611.10912.7992-1.77113.79310.0899-0.4505-0.39070.6007-0.3599-1.1308-0.10531.19060.02850.4252-0.0391-0.15830.94440.04320.591430.8572-9.706135.8319
81.7292-0.8670.38480.4417-0.20090.0940.2106-1.0815-0.31361.0359-0.1595-0.44320.02140.8297-0.18530.8269-0.0268-0.34050.87770.09740.411223.0558-12.841240.896
92.3322-0.53750.10480.2071-0.50552.74710.124-1.0319-0.45291.0319-0.2024-0.1752-0.21540.29930.00691.06560.0397-0.30570.90490.16390.584118.9284-12.726746.889
101.5049-1.4673-0.99922.76751.05037.85080.1462-0.78310.07260.624-0.2626-0.3934-0.62210.28250.1360.6293-0.0737-0.12740.69720.01510.294517.9016-3.519638.9396
112.31610.33470.07940.21250.07070.06590.2029-0.44690.03610.12240.01180.06220.0457-0.22331.07011.25970.0353-0.67140.6407-0.20550.068413.12023.721544.715
124.00281.04082.91915.70581.16724.86450.05510.72860.2808-0.3984-0.928-0.5478-0.16341.25690.97590.75140.1099-0.11921.02970.15230.394126.6359-8.002229.7508
133.401-0.48810.22233.9699-0.77375.0120.6590.0946-1.0019-0.2985-0.5050.36690.5811-0.55470.0070.7163-0.0056-0.33550.3818-0.09220.578911.7888-19.857831.4048
142.2031.5875-0.79571.3606-1.01451.24580.44810.2968-0.60070.58980.39530.1806-0.1228-0.0251-0.7470.84430.0959-0.19350.84810.16390.673237.2125-10.249336.7526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 74 )A34 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 108 )A75 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 121 )A109 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 122 through 138 )A122 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 139 through 168 )A139 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 52 )B21 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 74 )B53 - 74
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 75 through 108 )B75 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 121 )B109 - 121
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 122 through 136 )B122 - 136
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 137 through 156 )B137 - 156
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 157 through 169 )B157 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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