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Yorodumi- PDB-7n3j: E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, mutant Phe27CF3-Tyr/... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n3j | |||||||||
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Title | E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, mutant Phe27CF3-Tyr/Phe98CF3-Tyr | |||||||||
Components | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Non-canonical amino acids / Trifluoromethyl-tyrosine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Frkic, R.L. / Otting, G. / Jackson, C.J. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2021 Title: Through-Space Scalar 19 F- 19 F Couplings between Fluorinated Noncanonical Amino Acids for the Detection of Specific Contacts in Proteins. Authors: Orton, H.W. / Qianzhu, H. / Abdelkader, E.H. / Habel, E.I. / Tan, Y.J. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J. / Huber, T. / Otting, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n3j.cif.gz | 151 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n3j.ent.gz | 119 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n3j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rfdC 2nulS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 168 / Label seq-ID: 1 - 168
|
-Components
#1: Protein | Mass: 19171.328 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: F27CF3-Tyr, F98CF3-Tyr Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ppiB, b0525, JW0514 / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / References: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100mM Tris (pH 7.5-8.0), 34% PEG 3350, 200mM sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→34.42 Å / Num. obs: 18550 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.308 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.335 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 120749 / Scaling rejects: 740 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 6 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2NUL Resolution: 2→34.42 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 40.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.15 Å2 / Biso mean: 59.7901 Å2 / Biso min: 20.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→34.42 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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