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万見
- PDB-7n0u: Complex of recombinant Bet v 1 with Fab fragment of REGN5713 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0u
タイトルComplex of recombinant Bet v 1 with Fab fragment of REGN5713
要素
  • (REGN5713 Fab fragment ...) x 2
  • Recombinant Bet v 1
キーワードALLERGEN / Birch pollen / allergy / neutralizing antibody / immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Romero Hernandez, A.
引用ジャーナル: J Allergy Clin Immunol / 年: 2022
タイトル: Targeting immunodominant Bet v 1 epitopes with monoclonal antibodies prevents the birch allergic response.
著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / ...著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / Andrew J Murphy / Matthew A Sleeman / Jamie M Orengo
要旨: BACKGROUND: Blocking the major cat allergen, Fel d 1, with mAbs was effective in preventing an acute cat allergic response.
OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein ...OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein in birch pollen, can prevent the birch allergic response.
手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy ...手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy determined binding kinetics and structural data. Inhibition of IgE-binding, basophil activation, and mast cell degranulation were assessed via blocking ELISA, flow cytometry, and the passive cutaneous anaphylaxis mouse model.
RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- ...RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- and birch pollen extract-induced basophil activation ex vivo and mast cell degranulation in vivo. Crystal structures of the complex of Bet v 1 with immunoglobulin antigen-binding fragments of REGN5713 or REGN5715 show distinct interaction sites on Bet v 1. Cryo-electron microscopy reveals a planar and roughly symmetrical complex formed by REGN5713/14/15 bound to Bet v 1.
CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous ...CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous binding of REGN5713, REGN5714, and REGN5715 with substantial areas of Bet v 1 exposed, suggesting that targeting specific epitopes is sufficient to block the allergic response.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: REGN5713 Fab fragment heavy chain
L: REGN5713 Fab fragment light chain
C: Recombinant Bet v 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1555
ポリマ－67,8383
非ポリマー3172
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.766, 140.766, 94.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 REGN5713 Fab fragment heavy chain


分子量: 23560.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: VI3 humanized
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 REGN5713 Fab fragment light chain


分子量: 23534.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: VI3 humanized
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 Recombinant Bet v 1


分子量: 20743.148 Da / 分子数: 1 / Mutation: F63L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15494
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→100 Å / Num. obs: 22121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 64.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 1100 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.373 / Rrim(I) all: 1.13 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A8U and in-house Fab structure

4a8u


解像度: 3→46.08 Å / SU ML: 0.3137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.2687
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 1039 4.75 %
Rwork0.2403 20833 -
obs0.2422 21872 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4437 0 19 11 4467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64466202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4084627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.150.32881490.31532862X-RAY DIFFRACTION95.8
3.15-3.340.35131250.30632987X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.60.44081420.31722980X-RAY DIFFRACTION99.68
3.6-3.960.46191380.32922860X-RAY DIFFRACTION95.36
3.96-4.540.21631850.20152971X-RAY DIFFRACTION100
4.54-5.710.18011520.18163023X-RAY DIFFRACTION100
5.72-46.080.22331480.19373150X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36665297815-0.129322987332-0.1984134468094.0716717931-1.412834031014.46469071780.128606657465-0.2966105287240.2868431003590.431105368662-0.08146040697560.00146747312098-0.2096912226370.217195000321-0.004961939396130.179429177923-0.09251533408540.00341441154890.353405939747-0.05096874702640.377445033341-62.248438579370.6483375412-17.2629108854
20.85084376408-0.209280060958-1.060395135635.081446881480.7244725264293.309968196470.161679155556-0.3789148404240.08285406344550.3917854427760.0238409802017-0.7517495690110.4527497655590.490422679551-0.1884425012180.4018315761970.0119251309935-0.1241061472870.722583431453-0.03341135796340.3455399146-48.495761946345.5163014461-8.67074003427
32.71098112349-0.0447728260327-0.1623899929294.92033548404-0.4866743733542.677191981440.2335679474330.09755808115020.14208793142-0.682231888495-0.133721010180.712566661580.504564392986-0.110913406427-0.05105350236790.425460013673-0.102801336689-0.1295037889620.395869219493-0.004607678710540.382512293603-70.082642774256.8835696995-32.9617512714
42.078061962191.381405153290.1066608285992.541021214911.164220862272.578669481230.229497469042-0.46242814243-0.2614163273881.13834564399-0.184672997247-0.2155666527671.154471303730.3480671825990.01970833663651.2948768190.105743881507-0.1438400701280.6817946012320.04265729481930.347149190654-56.52053973431.0342622523-8.86014483278
53.421289143770.1973784996451.306004813683.90577943184-0.323318780933.9178937322-0.1683319137110.06705312193960.832492550995-0.197530727815-0.05226856563150.869807736342-0.54238424406-0.569333181335-0.15569519390.3491448055550.0535386529556-0.09834860795870.4061292778-0.007913839462480.8490632416-72.067835898790.7691236905-36.1919109372
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain H and resseq 2:115)HA2 - 1151 - 114
22(chain H and resseq 116:214)HA116 - 214115 - 207
33(chain L and resseq 1:107)LB1 - 1071 - 107
44(chain L and resseq 108:214)LB108 - 214108 - 214
55(chain C and resseq 1:159)CC1 - 1591 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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