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- PDB-7n0i: Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0i
タイトルStructure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2
要素
  • Nucleoprotein
  • Single-domain antibody E2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / nanobody / nucleocapsid / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM128464 米国
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Recognition by Single-Domain Antibodies.
著者: Ye, Q. / Lu, S. / Corbett, K.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for SARS-CoV-2 Nucleocapsid protein recognition by single-domain antibodies.
著者: Ye, Q. / Lu, S. / Corbett, K.D.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
I: Single-domain antibody E2
J: Single-domain antibody E2
K: Single-domain antibody E2
L: Single-domain antibody E2
G: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,44315
ポリマ－148,30112
非ポリマー1423
水15,529862
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
I: Single-domain antibody E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0753
ポリマ－37,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
J: Single-domain antibody E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1585
ポリマ－37,0753
非ポリマー832
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
K: Single-domain antibody E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0753
ポリマ－37,0753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Nucleoprotein
L: Single-domain antibody E2
G: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1344
ポリマ－37,0753
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.846, 131.557, 140.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "C" and resid 269 through 364)
d_3ens_1chain "E"
d_4ens_1(chain "G" and resid 269 through 364)
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2chain "F"
d_4ens_2chain "H"
d_1ens_3(chain "I" and resid 0 through 128)
d_2ens_3(chain "J" and resid 0 through 128)
d_3ens_3(chain "K" and resid 0 through 128)
d_4ens_3(chain "L" and resid 0 through 128)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNPROA1 - 96
d_21ens_1ASNPROC1 - 96
d_31ens_1ASNPROF1 - 96
d_41ens_1ASNPRON1 - 96
d_11ens_2ASNPROB1 - 96
d_21ens_2ASNPROE1 - 96
d_31ens_2ASNPROG1 - 96
d_41ens_2ASNPROH1 - 96
d_11ens_3ALAALAI1 - 129
d_21ens_3ALAALAJ1 - 129
d_31ens_3ALAALAK2 - 130
d_41ens_3ALAALAL2 - 130

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999940522558, -0.00415392768972, 0.0100844549362), (0.00413345302378, 0.999989355333, 0.0020503136866), (-0.0100928644453, -0.00200850811843, 0.999947048589)37.7984189257, -4.50537994628, -0.308543711574
2given(0.992463911455, 0.117891242712, 0.0334221386483), (-0.0832285157307, 0.448348967646, 0.889975402683), (0.0899355248463, -0.886050144237, 0.454782083275)-10.3985100913, -12.5310056848, 22.1294337557
3given(0.99908987947, 0.0388998137013, -0.0174990638142), (-0.00167714511955, 0.445758765554, 0.895151557065), (0.0426215898884, -0.894307512786, 0.445418311983)30.2612571599, -13.908779541, 20.6019594522
4given(0.999814178018, -0.0184278025786, 0.00565911003736), (0.0184093036254, 0.999825076055, 0.0033037602034), (-0.0057190011643, -0.0031989660172, 0.999978529591)38.0239106365, -3.94892611441, -0.143249035509
5given(0.98834664212, 0.149869385063, 0.0266473719145), (-0.0932020973741, 0.457398258742, 0.884364292554), (0.120350671183, -0.876542069909, 0.46603617416)-11.3803646677, -13.1917761726, 23.4516208248
6given(0.996384174254, 0.0758796817055, -0.0382210831984), (-0.00194256140234, 0.470088033471, 0.882617395729), (0.0849400008935, -0.879351758224, 0.468535677997)28.7810537344, -14.6222868771, 22.3342506027
7given(0.999606572331, 0.0207727279328, 0.0188465998764), (-0.0207993089278, 0.999782932158, 0.00121544802762), (-0.0188172607144, -0.00160696608981, 0.999821648275)37.0883030598, -5.44631225708, -0.670932536019
8given(0.993143620293, 0.114636026346, 0.0228982736376), (-0.0685406617001, 0.412338169886, 0.908448904093), (0.0946991402582, -0.903789696289, 0.417368251926)-10.1606035369, -10.5047658593, 22.3549974061
9given(0.995733215648, 0.0921943421922, 0.00394544328635), (-0.0418124454708, 0.412649670772, 0.909929650366), (0.0822622796835, -0.906212145405, 0.41474385452)28.7363437312, -14.2336197956, 22.0019598397

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 10820.076 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 抗体
Single-domain antibody E2


分子量: 15434.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.69 Å / Num. obs: 129860 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 5.417 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 6374 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 2.282

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WZQ

6wzq


解像度: 2.2→49.69 Å / SU ML: 0.3036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.7474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 3295 5.15 %
Rwork0.2394 60713 -
obs0.241 64008 89.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10229 0 9 862 11100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003310500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.682714238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04671478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.01863770
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.616819606011
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.800977639104
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.831520376534
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.683460020595
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.887891113967
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.932315439893
ens_3d_2IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.624510801451
ens_3d_3IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.767207829819
ens_3d_4IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.737202978091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.39041020.34111995X-RAY DIFFRACTION70.46
2.23-2.260.42611100.33632199X-RAY DIFFRACTION78.91
2.26-2.30.31681100.31172128X-RAY DIFFRACTION75.2
2.3-2.340.33741320.31762088X-RAY DIFFRACTION76.13
2.34-2.380.39841140.32122199X-RAY DIFFRACTION77.41
2.38-2.420.37431220.31142233X-RAY DIFFRACTION80.1
2.42-2.470.36241240.31022309X-RAY DIFFRACTION82.67
2.47-2.520.36641320.30212350X-RAY DIFFRACTION83.4
2.52-2.570.32361380.29342440X-RAY DIFFRACTION86.66
2.57-2.630.29111590.28592434X-RAY DIFFRACTION87.42
2.63-2.70.36291470.28852456X-RAY DIFFRACTION87.94
2.7-2.770.30691330.27592539X-RAY DIFFRACTION90.51
2.77-2.850.34641370.27422568X-RAY DIFFRACTION90.77
2.85-2.950.30141660.25422615X-RAY DIFFRACTION92.7
2.95-3.050.311430.2452628X-RAY DIFFRACTION93.11
3.05-3.170.26281290.24372736X-RAY DIFFRACTION96.08
3.17-3.320.27791710.24822728X-RAY DIFFRACTION96.89
3.32-3.490.27961730.22712751X-RAY DIFFRACTION97.96
3.49-3.710.23441290.21582847X-RAY DIFFRACTION98.61
3.71-40.19491200.19882870X-RAY DIFFRACTION98.84
4-4.40.18241230.18872846X-RAY DIFFRACTION98.38
4.4-5.030.20851910.18022825X-RAY DIFFRACTION99.05
5.04-6.340.23071510.20782918X-RAY DIFFRACTION99.42
6.34-49.690.2281390.21743011X-RAY DIFFRACTION97.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.510832219280.2740285271470.07637647945572.674417762920.3154818041934.94763029091-0.1688628641960.1140094205480.0656719601465-0.7253722603730.1099005965980.0172935139078-0.9969349953650.1987743549050.01161054072250.594772363476-0.0307996223954-0.06196303741380.1972988452040.02520070635170.15404372782-37.078706694419.3408072216-19.752210704
21.818037478380.36352006817-1.275272355533.06133542437-0.1118501749784.78300260327-0.1162099365250.009808281810730.02703262090450.03306084251360.0807926037222-0.26195148351-0.176340710950.3402960301310.07282704006250.0374974331867-0.0225310804561-0.07174413553310.164538618302-0.01610803792380.2209861156410.48918498205514.6262195413-19.7179775528
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A or chain BA - BA - B269 - 3641 - 96
22chain C or chain DC - DC - E269 - 3641 - 96
33chain E or chain FE - FF - G269 - 3641 - 96
44chain G or chain HH - GH - O269 - 4011
55chain III0 - 1351 - 136
66chain JJJ0 - 1341 - 135
77chain KKK-1 - 1281 - 130
88chain LLL-1 - 1291 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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