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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mwy | ||||||
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タイトル | Structure of the drosophila STING cyclic dinucleotide binding domain | ||||||
![]() | STING | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / STING / cyclic dinucleotide receptor | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Slavik, K.M. / Ragucci, A.E. / Kranzusch, P.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila. 著者: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40901.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, 22% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→44.91 Å / Num. obs: 54801 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 31.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3340 / CC1/2: 0.435 / Rpim(I) all: 0.656 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: SAD-phased model of the selenomethionine derivative 解像度: 1.84→44.89 Å / SU ML: 0.2236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5355 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→44.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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