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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mwt | ||||||
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タイトル | Structure of the E. coli PutA proline dehydrogenase domain (residues 86-630) complexed with 1,1-Cyclobutanedicarboxylate | ||||||
要素 | Bifunctional protein PutA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / BETA/ALPHA BARREL / FLAVOENZYME / PROLINE CATABOLISM | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Tanner, J.J. / Bogner, A.N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-affinity relationships of reversible proline analog inhibitors targeting proline dehydrogenase. 著者: Bogner, A.N. / Tanner, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mwt.cif.gz | 208.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mwt.ent.gz | 162.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mwt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mwt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mwt_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mwt_validation.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61451.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 86-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: putA, SAMEA3472047_03659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A383H020, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 62分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ZPS / |
#4: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#5: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20-26% PEG 3350, 50-175 mM sodium citrate, soaked crystals with 50 mM cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.19→101.26 Å / Num. obs: 38519 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 53.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 183109 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3E2R 解像度: 2.19→70.78 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 31.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.33 Å2 / Biso mean: 68.6201 Å2 / Biso min: 37.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→70.78 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.9401 Å / Origin y: 49.9337 Å / Origin z: 49.1351 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: peptide and chain A |