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- PDB-7sqn: Structure of the E. coli PutA proline dehydrogenase domain (resid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqn
タイトルStructure of the E. coli PutA proline dehydrogenase domain (residues 86-630) complexed with (2S)-oxetane-2-carboxylic acid
要素Bifunctional protein PutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA/ALPHA BARREL / FLAVOENZYME / PROLINE CATABOLISM
機能・相同性(2S)-oxetane-2-carboxylic acid / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Bogner, A.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132640 米国
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-affinity relationships of reversible proline analog inhibitors targeting proline dehydrogenase.
著者: Bogner, A.N. / Tanner, J.J.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7275
ポリマ－61,4511
非ポリマー1,2764
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.854, 140.984, 145.962
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2103-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 61451.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 86-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: putA, SAMEA3472047_03659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A383H020, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 62分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-A8G / (2S)-oxetane-2-carboxylic acid


分子量: 102.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 5.75, 5.9 or 6.0 and 18-28% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→64.72 Å / Num. obs: 35985 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 55.05 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 191098 / Scaling rejects: 86
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.325.51.3151800932680.5950.61.451199.9
9-64.7250.08831116280.9870.0410.0981799.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7MWU

7mwu


解像度: 2.25→64.72 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1816 5.07 %
Rwork0.2081 33971 -
obs0.2099 35787 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.66 Å2 / Biso mean: 69.6152 Å2 / Biso min: 37.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→64.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3752 0 86 58 3896
Biso mean--56.61 52.11 -
残基数----503
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.35121540.33382543269799
2.31-2.380.35311400.31152566270699
2.38-2.460.3291160.28972574269098
2.46-2.540.32691270.31042578270599
2.54-2.650.36251300.26972600273099
2.65-2.770.30181590.23942588274799
2.77-2.910.24461290.23612607273699
2.91-3.090.27341230.24832586270999
3.09-3.330.26091400.237926262766100
3.33-3.670.25771600.211825952755100
3.67-4.20.21491480.187126432791100
4.2-5.290.1951670.161726632830100
5.29-64.720.21991230.1782802292599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.9795 Å / Origin y: 49.4039 Å / Origin z: 49.3375 Å
111213212223313233
T0.4039 Å2-0.036 Å20.0468 Å2-0.3881 Å2-0.04 Å2--0.3432 Å2
L0.895 °2-0.204 °2-0.0021 °2-1.3776 °2-0.0134 °2--2.2723 °2
S0.0551 Å °0.1291 Å °0.0034 Å °-0.2445 Å °0.0696 Å °-0.0589 Å °-0.1858 Å °0.2306 Å °-0.069 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and peptide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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