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- PDB-7mwk: Crystal structure of MBD2 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwk
タイトルCrystal structure of MBD2 with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding protein-DNA complex / MBD / TAM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / response to mechanical stimulus / heterochromatin / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.453 Å
データ登録者Liu, K. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MBD2 with DNA
著者: Liu, K. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,23610
ポリマ－32,2366
非ポリマー04
水905
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1183
ポリマ－16,1183
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1187
ポリマ－16,1183
非ポリマー04
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.521, 40.521, 202.097
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain F
21chain C
31chain D
41chain E
12(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...
22(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DGDGDCDCchain FFF1 - 121 - 12
211DGDGDCDCchain CCC1 - 121 - 12
311DGDGDCDCchain DDD1 - 121 - 12
411DGDGDCDCchain EEE1 - 121 - 12
112LYSLYSTRPTRP(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 1597 - 18
122LYSLYSLYSLYS(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA16019
132LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
142LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
152LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
162LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
172LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
182LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 148:159 or (resid 160 and (name...AA148 - 2157 - 74
212LYSLYSSERSER(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 1757 - 34
222ASPASPASPASP(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB17635
232LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 2157 - 74
242LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 2157 - 74
252LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 2157 - 74
262LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 2157 - 74
272LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 148:175 or (resid 176 and (name...BB148 - 2157 - 74

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8763.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 143-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(MC)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→34.575 Å / Num. obs: 27350 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 61.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.555.81.063919115780.5750.481.1671.8100
8.83-34.575.30.02615482930.9990.0120.02954.197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.10.1_2155精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C2E

6c2e
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.453→34.575 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 890 3.31 %
Rwork0.1915 --
obs0.1924 26856 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.9 Å2 / Biso mean: 63.2246 Å2 / Biso min: 38.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.453→34.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 976 4 5 2019
Biso mean--44.78 52.31 -
残基数----184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11F412X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
12C412X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
13D412X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
14E412X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
21A594X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
22B594X-RAY DIFFRACTION6.977TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4284-0.41530.53711.51770.44781.03340.0922-0.0593-0.08760.0714-0.02360.29980.2027-0.3519-00.8336-0.02540.07660.47290.00530.383434.967720.8244-4.9456
21.0730.57490.01451.1244-0.73730.66190.3264-0.0201-0.21070.2133-0.33930.2042-0.0853-0.4786-0.01330.6570.0864-0.06190.5414-0.02950.451628.622810.2673-30.2582
30.1042-1.27810.3835-0.0424-0.25610.80580.16420.28440.1448-0.1952-0.2547-0.2011-0.01090.202401.01550.00070.10730.53250.01170.654249.037926.09710.9721
4-0.2410.0804-0.74120.4669-0.23060.8253-0.25950.32940.21670.6194-0.1057-0.3454-0.02780.059601.02230.01850.02240.51660.04280.594848.600126.04682.4765
51.53090.60340.83680.27440.3820.60380.50010.35330.2609-0.2044-0.7437-0.25790.11520.156-0.06660.80140.3971-0.01940.5635-0.0390.670739.919819.8663-37.4415
60.06940.8127-0.56340.8396-0.81881.6838-0.08230.17420.2550.34-0.2885-0.2796-0.09330.01860.00040.71180.2696-0.1430.4915-0.06710.667539.916820.397-35.8784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA148 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB148 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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