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- PDB-7msg: The crystal structure of LIGHT in complex with HVEM and CD160 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7msg
タイトルThe crystal structure of LIGHT in complex with HVEM and CD160
要素
  • CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNITY / N-GLYCOSYLATION / MEMBRANE / SECRETED PROTEIN / CYTOKINE / JELLY-ROLL FOLD / CYSTEINE RICH DOMAIN / SIGNALING / CELL MEMBRANE / SECRETED / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / TNF
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / negative regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein complex binding / mucosal immune response / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production ...positive regulation of natural killer cell mediated immune response to tumor cell / activating MHC class I receptor activity / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / negative regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of natural killer cell degranulation / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein complex binding / mucosal immune response / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / tumor necrosis factor receptor activity / MHC class I receptor activity / positive regulation of cytokine production involved in immune response / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / T cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor binding / Costimulation by the CD28 family / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cytokine binding / T cell homeostasis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell migration / positive regulation of myoblast differentiation / side of membrane / T cell proliferation / T cell costimulation / T cell activation / negative regulation of angiogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / kinase binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / virus receptor activity / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD160 ANTIGEN / Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...CD160 ANTIGEN / Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / CD160 antigen / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu, W. / Ramagopal, U. / Garrett-Thompson, S.C. / Fedorov, E. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 11件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103473 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-98CH10886 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41RR012408 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA013330 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020068 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA023100 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30DK120515 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR027366 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U01AI125955 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P01DK46763 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: HVEM structures and mutants reveal distinct functions of binding to LIGHT and BTLA/CD160.
著者: Liu, W. / Chou, T.F. / Garrett-Thomson, S.C. / Seo, G.Y. / Fedorov, E. / Ramagopal, U.A. / Bonanno, J.B. / Wang, Q. / Kim, K. / Garforth, S.J. / Kakugawa, K. / Cheroutre, H. / Kronenberg, M. / Almo, S.C.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form
D: CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
E: CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
F: CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,54312
ポリマ－133,5106
非ポリマー3,0336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area48260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.689, 214.689, 214.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14, membrane form


分子量: 18188.549 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF14, HVEML, LIGHT, UNQ391/PRO726 / プラスミド: pCoBlast
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: O43557
#2: タンパク質 CD160 antigen, soluble form,Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 / Herpes virus entry mediator A / Tumor necrosis factor receptor-like 2


分子量: 26314.684 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: single chain hCD160-hHVEM fusion protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD160, BY55, TNFRSF14, HVEA, HVEM, UNQ329/PRO509 / プラスミド: pMT/Bip/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: O95971, UniProt: Q92956
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Chains D, E, and F each consist of a single chain hCD160-hHVEM fusion protein: UNP O95971 (CD160 ...Chains D, E, and F each consist of a single chain hCD160-hHVEM fusion protein: UNP O95971 (CD160 amino acids 27-144) - (G4S)4 LINKER - UNP Q92956 (TNFRSF14 amino acids 39-143) - GHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M potassium iodide, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→34.83 Å / Num. obs: 20868 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.8317.91.7188839049360.6760.4141.7672.2100
8.57-34.8320.90.03430804147410.0080.03573.898.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RSU, 6NG9

4rsu

6ng9


解像度: 3.5→19.933 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 38.58 / SU ML: 0.568 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.651
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. NCS restraints were applied during refinement: chains ABC were restrained tightly together (positional 0.05A, thermal 0.50A^2), and chains ...詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. NCS restraints were applied during refinement: chains ABC were restrained tightly together (positional 0.05A, thermal 0.50A^2), and chains DEF were restrained tightly together (positional 0.05A, thermal 0.50A^2).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1001 4.821 %
Rwork0.2566 19764 -
all0.258 --
obs-20765 99.33 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 139.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7929 0 201 0 8130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.0177536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.68211307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.521.60417547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18751023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.31520.923390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.113151326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9921560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.26946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.23712
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.23823
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0920.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3860.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3490.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.08214.9414155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.07914.9414154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1422.3735157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.1422.3745158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.21515.5714178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.21415.5714178
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.84323.2376149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.84323.246150
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.761281.46531096
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.762281.42431091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.5870.293540.371434X-RAY DIFFRACTION99.9328
3.587-3.6820.355560.3531366X-RAY DIFFRACTION100
3.682-3.7850.353590.3241374X-RAY DIFFRACTION100
3.785-3.8970.328560.3071300X-RAY DIFFRACTION100
3.897-4.020.304630.2921271X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.1550.271790.2991215X-RAY DIFFRACTION99.9228
4.155-4.3050.358660.2711171X-RAY DIFFRACTION99.9192
4.305-4.4720.337810.2351153X-RAY DIFFRACTION99.919
4.472-4.660.207610.2091086X-RAY DIFFRACTION99.9129
4.66-4.8740.255620.221059X-RAY DIFFRACTION99.9109
4.874-5.1210.244400.2221021X-RAY DIFFRACTION100
5.121-5.4090.325300.238967X-RAY DIFFRACTION100
5.409-5.7530.288530.247920X-RAY DIFFRACTION100
5.753-6.1710.278440.254842X-RAY DIFFRACTION100
6.171-6.6960.337350.293809X-RAY DIFFRACTION100
6.696-7.3830.359440.27731X-RAY DIFFRACTION100
7.383-8.3370.241350.227645X-RAY DIFFRACTION100
8.337-9.7910.238420.22574X-RAY DIFFRACTION100
9.791-12.4280.261200.211477X-RAY DIFFRACTION100
12.428-19.9330.246210.264361X-RAY DIFFRACTION99.7389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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