PDB-7mse: High-resolution crystal structure of hMIF2 with tartrate at the a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mse

タイトル

High-resolution crystal structure of hMIF2 with tartrate at the active site

要素

D-dopachrome decarboxylase

キーワード

CYTOKINE

機能・相同性

機能・相同性情報

D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Murphy, E.L. / Manjula, R. / Murphy, J.W. / Lolis, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A structurally preserved allosteric site in the MIF superfamily affects enzymatic activity and CD74 activation in D-dopachrome tautomerase.
著者: Chen, E. / Reiss, K. / Shah, D. / Manjula, R. / Allen, B. / Murphy, E.L. / Murphy, J.W. / Batista, V.S. / Bhandari, V. / Lolis, E.J. / Lisi, G.P.

履歴

登録	2021年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mse.cif.gz	163.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mse.ent.gz	128.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mse_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mse_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7mse_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7mse_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7mse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7mse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mruC 7mrvC 7mw7C 3kanS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3f-1 3kan-2 4q3f-3 4q3f-2 3kan-1 3kan-3 7mw7-1 3ker-1 5bsj-d 1dpt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-dopachrome decarboxylase

B: D-dopachrome decarboxylase

C: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

38.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

A: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

A: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.2 kDa, 3 ポリマー
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2

B: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

B: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

B: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 3 ポリマー
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3

C: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

C: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

C: D-dopachrome decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.396, 83.396, 40.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

#1: タンパク質	D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II 分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 28.6% w/v PEG 3350, 0.31M sodium tartrate at pH 5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.51418 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.51418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 82635 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 933698

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.27-1.29	3.4	0.605	3642	0.638	0.341	0.701	1.129	86.8
1.29-1.32	7.6	0.644	4101	0.787	0.246	0.692	1.085	100
1.32-1.34	8	0.62	4181	0.808	0.231	0.663	1.058	100
1.34-1.37	8.2	0.587	4175	0.818	0.214	0.626	1.041	100
1.37-1.4	8.6	0.533	4125	0.882	0.191	0.567	1.025	100
1.4-1.43	8.9	0.497	4197	0.897	0.174	0.527	1.02	100
1.43-1.47	9.2	0.424	4111	0.922	0.146	0.449	0.977	100
1.47-1.51	9.6	0.37	4171	0.945	0.125	0.391	0.978	100
1.51-1.55	10	0.305	4211	0.965	0.101	0.321	0.964	100
1.55-1.6	10.4	0.269	4130	0.973	0.087	0.283	0.97	100
1.6-1.66	10.9	0.229	4178	0.982	0.072	0.241	0.943	100
1.66-1.72	11.4	0.2	4100	0.986	0.062	0.209	0.923	100
1.72-1.8	12	0.16	4167	0.991	0.048	0.167	0.928	100
1.8-1.9	12.6	0.127	4191	0.995	0.037	0.132	0.922	100
1.9-2.02	13.4	0.092	4165	0.997	0.026	0.096	0.922	100
2.02-2.17	14.1	0.072	4125	0.998	0.02	0.074	0.906	100
2.17-2.39	15	0.063	4187	0.998	0.017	0.065	0.94	100
2.39-2.74	15.1	0.056	4160	0.998	0.015	0.057	0.947	100
2.74-3.45	17.3	0.043	4160	0.999	0.011	0.044	0.987	100
3.45-50	19.1	0.033	4158	1	0.008	0.034	0.86	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KAN

3kan

解像度: 1.27→41.7 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1729	3992	4.96 %
R_work	0.1371	76441	-
obs	0.1388	80433	96.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.29 Å² / B_iso mean: 17.7263 Å² / B_iso min: 10.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.27→41.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2639	0	30	412	3081
B_iso mean	-	-	24.29	29.9	-
残基数	-	-	-	-	351

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.2579	45	0.2603	602	647	23
1.28-1.3	0.2449	108	0.1951	2299	2407	85
1.3-1.32	0.2391	181	0.1732	2610	2791	98
1.32-1.33	0.2278	166	0.1682	2697	2863	99
1.33-1.35	0.2381	103	0.1674	2795	2898	100
1.35-1.37	0.2432	152	0.1573	2687	2839	100
1.37-1.39	0.2007	143	0.1541	2753	2896	100
1.39-1.41	0.1982	152	0.1471	2685	2837	100
1.41-1.44	0.2294	151	0.1486	2718	2869	100
1.44-1.46	0.1889	112	0.1354	2757	2869	100
1.46-1.49	0.2251	180	0.1309	2721	2901	100
1.49-1.52	0.205	120	0.1257	2767	2887	100
1.52-1.55	0.1728	176	0.1222	2698	2874	100
1.55-1.58	0.1819	132	0.1123	2676	2808	100
1.58-1.62	0.1607	150	0.1136	2751	2901	100
1.62-1.66	0.1661	138	0.1227	2727	2865	100
1.66-1.7	0.1541	110	0.1202	2755	2865	100
1.7-1.75	0.1686	142	0.1142	2732	2874	100
1.75-1.81	0.1599	178	0.1313	2683	2861	100
1.81-1.87	0.154	134	0.1271	2735	2869	100
1.87-1.95	0.1634	123	0.1249	2728	2851	100
1.95-2.04	0.1801	108	0.124	2780	2888	100
2.04-2.15	0.1724	125	0.143	2745	2870	100
2.15-2.28	0.1882	116	0.14	2736	2852	100
2.28-2.46	0.1522	170	0.1424	2719	2889	100
2.46-2.7	0.1854	182	0.1536	2686	2868	100
2.7-3.09	0.1881	128	0.1563	2732	2860	100
3.09-3.9	0.1652	123	0.1398	2731	2854	100
3.9-41.7	0.1378	144	0.123	2736	2880	100

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