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- PDB-7mw7: Crystal structure of P1G mutant of D-dopachrome tautomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mw7
タイトルCrystal structure of P1G mutant of D-dopachrome tautomerase
要素D-dopachrome decarboxylase
キーワードCYTOKINE / Mitogen inhibitory factor 2 / Mutant / Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / melanin biosynthetic process / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Manjula, R. / Murphy, E.L. / Murphy, J.W. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A structurally preserved allosteric site in the MIF superfamily affects enzymatic activity and CD74 activation in D-dopachrome tautomerase.
著者: Chen, E. / Reiss, K. / Shah, D. / Manjula, R. / Allen, B. / Murphy, E.L. / Murphy, J.W. / Batista, V.S. / Bhandari, V. / Lolis, E.J. / Lisi, G.P.
履歴
登録2021年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年9月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8043
ポリマ－12,6851
非ポリマー1192
水1,36976
1
A: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子

A: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子

A: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4119
ポリマ－38,0543
非ポリマー3576
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.993, 73.993, 41.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-201-

SO4

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要素

#1: タンパク質 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II


分子量: 12684.659 Da / 分子数: 1 / 変異: P2G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES 7.5 30 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.51418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日 / 詳細: Osmic VariMax ArcSec Cu-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.51418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→50 Å / Num. obs: 52539 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.09-1.126.40.38525950.9480.1560.4171.02273.2
1.12-1.147.30.36235670.9570.1390.3880.96399.9
1.14-1.177.70.32335500.9640.1210.3450.979100
1.17-1.218.10.29435400.9720.1080.3130.937100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MSE

7mse


解像度: 1.1→34.58 Å / SU ML: 0.0914 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 2501 4.99 %
Rwork0.1777 47645 -
obs0.1783 50146 95.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→34.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数881 0 6 76 963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96241267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0795149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4707134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.120.2382710.23111476X-RAY DIFFRACTION53.07
1.12-1.140.2575730.21962090X-RAY DIFFRACTION73.62
1.14-1.160.2161210.21722459X-RAY DIFFRACTION90.53
1.16-1.190.22411480.2112747X-RAY DIFFRACTION98.1
1.19-1.220.23461300.21262729X-RAY DIFFRACTION99.79
1.22-1.250.24121330.19992801X-RAY DIFFRACTION99.9
1.25-1.290.17581460.20242741X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.330.21271380.20012784X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.380.25261620.20392764X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.440.21361670.20142763X-RAY DIFFRACTION99.97
1.44-1.50.19481580.19772723X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.580.20171500.17942795X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.680.15761490.18362762X-RAY DIFFRACTION99.9
1.68-1.810.20211370.17732794X-RAY DIFFRACTION99.86
1.81-1.990.19141570.18092767X-RAY DIFFRACTION99.86
1.99-2.280.19881470.17172804X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.870.16481340.17852811X-RAY DIFFRACTION99.97
2.87-34.580.18621800.16362835X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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