+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ms0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of native Cg10062 | ||||||
![]() | 4-oxalocrotonate tautomerase | ||||||
![]() | HYDROLASE / tautomerase | ||||||
機能・相同性 | Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / 4-oxalocrotonate tautomerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nayebi, G.H. / Geiger, J.H. / Draths, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cg10062 Catalysis Forges a Link between Acetylenecarboxylic Acid and Bacterial Metabolism. 著者: Mathes Hewage, A. / Nayebi Gavgani, H. / Chi, D. / Qiu, B. / Geiger, J.H. / Draths, K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19038.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: APT58_00490, AUO95_07180, CS176_0056, FM102_14895, KaCgl_17770, KbCgl_30240 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM HEPES sodium, pH 7.5, 7.5% v/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→40.03 Å / Num. obs: 24562 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 40.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.814 / Num. unique obs: 2401 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.836 / % possible all: 99.42 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3N4G 解像度: 1.37→40.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→40.03 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|