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- PDB-7mru: Crystal structure of S62A MIF2 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mru
タイトルCrystal structure of S62A MIF2 mutant
要素D-dopachrome decarboxylase
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Murphy, E.L. / Manjula, R. / Murphy, J.W. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A structurally preserved allosteric site in the MIF superfamily affects enzymatic activity and CD74 activation in D-dopachrome tautomerase.
著者: Chen, E. / Reiss, K. / Shah, D. / Manjula, R. / Allen, B. / Murphy, E.L. / Murphy, J.W. / Batista, V.S. / Bhandari, V. / Lolis, E.J. / Lisi, G.P.
履歴
登録2021年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8554
ポリマ－37,7333
非ポリマー1221
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.748, 75.891, 103.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II


分子量: 12577.526 Da / 分子数: 3 / 変異: S62A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 N NaCl, 25%w/v PEG 3350, 0.1 M Tris at pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.51418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.51418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 71882 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 468497
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.33-1.353.70.66923500.6480.3480.7621.03363.3
1.35-1.384.10.58734360.7390.2950.6631.03592
1.38-1.44.20.51534000.8020.2550.580.97791.6
1.4-1.434.30.49834760.840.2440.5590.95593.2
1.43-1.464.40.42634840.8390.2070.4770.97392.6
1.46-1.54.50.38634790.8840.1860.4310.97594.1
1.5-1.544.70.35135350.9160.1660.3920.9794.2
1.54-1.584.70.2835740.9430.1310.3110.95894.6
1.58-1.6250.24835470.9580.1140.2750.95595.5
1.62-1.685.20.20936290.9730.0940.2310.92396.8
1.68-1.745.50.18436580.9760.0810.2020.92397.2
1.74-1.815.80.1536710.9840.0640.1640.91597.6
1.81-1.896.20.13237030.990.0550.1440.93298.5
1.89-1.996.90.09537440.9940.0370.1020.97199.3
1.99-2.117.60.07437920.9970.0280.0790.94699.8
2.11-2.278.10.06238040.9980.0230.0661.01599.9
2.27-2.58.80.05237850.9980.0180.0550.8999.9
2.5-2.879.70.04238540.9990.0140.0440.96299.9
2.87-3.6112.20.03338790.9990.010.0350.957100
3.61-5011.90.028408210.0080.0291.005100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KAN

3kan


解像度: 1.33→42.86 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 3481 4.92 %
Rwork0.1609 67302 -
obs0.1618 70783 94.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 42.13 Å2 / Biso mean: 17.2115 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→42.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 20 632 3287
Biso mean--28.95 26.97 -
残基数----351
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.33-1.350.2522920.23111716180861
1.35-1.370.23191260.21812354248084
1.37-1.390.2508980.20862472257088
1.39-1.410.21931350.21182559269490
1.41-1.430.25551340.1962583271793
1.43-1.460.22091430.19322596273993
1.46-1.480.19241320.18112673280595
1.48-1.510.22461360.17942628276493
1.51-1.540.16991210.16432669279095
1.54-1.580.17231210.15062682280395
1.58-1.610.16951510.14742686283795
1.61-1.650.16721610.15072704286597
1.65-1.70.1821610.15632683284496
1.7-1.750.18281270.15762790291798
1.75-1.810.18611370.16692785292298
1.81-1.870.19361500.17342768291898
1.87-1.950.18761530.18022812296599
1.95-2.030.19791200.159128712991100
2.03-2.140.15621460.156628633009100
2.14-2.280.19391550.165228272982100
2.28-2.450.21931470.170228372984100
2.45-2.70.1971660.169828593025100
2.7-3.090.14841650.16228863051100
3.09-3.890.1581380.143229353073100
3.89-42.860.16671660.140630643230100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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