PDB-7mq6: Tetragonal Maltose Binding Protein in the presence of gold

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mq6

タイトル

Tetragonal Maltose Binding Protein in the presence of gold

要素

Maltodextrin-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Maltose Binding Protein / gold

機能・相同性

beta-maltose / : / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.372 Å

データ登録者

Thaker, A. / Sirajudeen, L. / Simmons, C.R. / Nannenga, B.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2021
タイトル: Structure-guided identification of a peptide for bio-enabled gold nanoparticle synthesis.
著者: Thaker, A. / Sirajudeen, L. / Simmons, C.R. / Nannenga, B.L.

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mq6.cif.gz	159.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mq6.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mq6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mq6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7mq6_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7mq6_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mq7C 1anfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jvy-d 1fqd-d 1a7l-3 1mdq-d 7mq7-d 4wjv-7 4zze-1 3hst-3 6qug-4 1anf-d 3ses-2 6qug-12 2wez-d 3hst-1 6qug-3 1mdp-2 2jed-1 3mbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltodextrin-binding protein

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.327, 68.327, 210.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein

分子量: 41084.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, GF950_09430 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A778V697

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 58分子

#3: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.92017 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92017 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 20852 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / Num. unique obs: 2772 / CC_1/2: 0.972

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1anf

1anf

解像度: 2.372→35.581 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	997	4.78 %
R_work	0.2104	19855	-
obs	0.2122	20852	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.97 Å² / B_iso mean: 63.8389 Å² / B_iso min: 43.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.372→35.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2829	0	52	45	2926
B_iso mean	-	-	77.8	61.97	-
残基数	-	-	-	-	373

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.372-2.4967	0.3077	134	0.2558	2772	100
2.4967-2.6531	0.3175	130	0.2661	2821	100
2.6531-2.8579	0.277	142	0.2642	2837	100
2.8579-3.1453	0.3374	160	0.2808	2789	100
3.1453-3.6001	0.2677	132	0.238	2862	99
3.6001-4.5343	0.2105	143	0.1857	2772	96
4.5343-35.581	0.2238	156	0.174	3002	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2926	-0.4472	-0.0314	1.7023	-0.0107	3.39	-0.1189	0.0536	-0.1226	0.1652	0.0354	0.3134	0.1475	-0.4985	0.1017	0.6568	-0.1866	0.0602	0.6799	0.0176	0.6548	12.2682	63.9406	16.8915
2	0.1089	-0.4418	0.2073	3.4938	-0.7291	0.3799	-0.153	0.1728	0.2351	-0.0134	0.2762	0.2788	-0.0489	-0.2778	-0.0944	0.5592	-0.1205	0.0393	0.6614	0.0292	0.6657	14.3706	73.6244	7.8722
3	0.5917	-0.7014	-0.2716	0.7995	1.0936	2.9838	0.073	-0.1851	0.0466	0.0806	-0.0028	-0.1845	0.0296	0.4058	-0.0675	0.5039	-0.1848	-0.0004	0.5335	0.0517	0.5114	26.8553	59.0338	-1.5368
4	1.4083	-2.2143	-0.2459	5.7821	2.5642	6.2413	-0.0842	-0.0209	0.0702	-0.1844	0.386	-1.0631	-0.6631	1.8125	-0.2049	0.725	-0.3389	0.0362	0.7851	-0.0709	0.6496	29.6753	75.7315	-11.8866
5	1.1121	-0.9586	0.0083	1.0739	-1.1369	4.0575	0.165	-0.0511	-0.1929	0.2099	0.1265	0.4141	0.5369	-0.2017	-0.2723	0.6447	-0.1374	-0.0332	0.4936	-0.0288	0.5963	20.6222	49.518	-7.852
6	0.9371	-0.3133	-0.5684	1.7607	0.7827	2.6322	-0.0934	0.0262	-0.1527	0.2276	0.0183	0.0241	0.1306	0.0901	0.0756	0.3981	-0.1373	-0.0148	0.506	-0.0065	0.4371	26.9266	62.1236	10.6758
7	0.3971	0.8616	0.6057	4.4825	-0.7732	2.6837	-0.0222	0.0862	0.142	0.1225	0.0524	0.0253	-0.1579	0.5232	-0.056	0.4867	-0.1237	0.0646	0.6166	-0.0304	0.5523	24.2689	64.7154	-5.7318
8	2.1037	0.7617	-2.5989	5.4236	1.2522	4.7977	-0.0659	0.0308	-0.0803	-0.2903	0.0361	0.6245	0.2218	-0.2333	-0.0622	0.5493	-0.0733	-0.0476	0.5956	0.0051	0.6184	16.5183	71.6412	-19.3133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 47 )	A	1 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 74 )	A	48 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 164 )	A	75 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 186 )	A	165 - 186
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 187 through 246 )	A	187 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 247 through 315 )	A	247 - 315
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 316 through 353 )	A	316 - 353
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 354 through 373 )	A	354 - 373

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