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- PDB-7mo7: Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mo7
タイトルCryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex
要素
  • Hepatocyte growth factor
  • Hepatocyte growth factor receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-MET / HGF / receptor tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / chemoattractant activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / platelet alpha granule lumen / liver development / molecular function activator activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / excitatory postsynaptic potential / cell chemotaxis / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / : / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Peptidase S1, PA clan / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor receptor / Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Uchikawa, E. / Chen, Z.M. / Xiao, G.Y. / Zhang, X.W. / Bai, X.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the activation of c-MET receptor.
著者: Emiko Uchikawa / Zhiming Chen / Guan-Yu Xiao / Xuewu Zhang / Xiao-Chen Bai /
要旨: The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic ...The c-MET receptor is a receptor tyrosine kinase (RTK) that plays essential roles in normal cell development and motility. Aberrant activation of c-MET can lead to both tumors growth and metastatic progression of cancer cells. C-MET can be activated by either hepatocyte growth factor (HGF), or its natural isoform NK1. Here, we report the cryo-EM structures of c-MET/HGF and c-MET/NK1 complexes in the active state. The c-MET/HGF complex structure reveals that, by utilizing two distinct interfaces, one HGF molecule is sufficient to induce a specific dimerization mode of c-MET for receptor activation. The binding of heparin as well as a second HGF to the 2:1 c-MET:HGF complex further stabilize this active conformation. Distinct to HGF, NK1 forms a stable dimer, and bridges two c-METs in a symmetrical manner for activation. Collectively, our studies provide structural insights into the activation mechanisms of c-MET, and reveal how two isoforms of the same ligand use dramatically different mechanisms to activate the receptor.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年6月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23919
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Hepatocyte growth factor
E: Hepatocyte growth factor receptor
A: Hepatocyte growth factor
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,6915
ポリマ－477,9414
非ポリマー1,7501
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8520 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area106220 Å2

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor / Hepatopoietin-A / Scatter factor / SF


分子量: 83249.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGF, HPTA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14210
#2: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 155720.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1750.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpN6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-XylpNSO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 2:2 c-MET/HGF holo-complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25787 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 194.16 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.703725265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04582813
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00443256
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.30986694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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