PDB-7mmy: Racemic structure of the cyclic plant peptide PDP-23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mmy

タイトル

Racemic structure of the cyclic plant peptide PDP-23

要素

PDP-23

キーワード

PLANT PROTEIN / PDP / head-to-tail cyclic / homodimer / racemic crystallography

生物種

Zinnia elegans (ヒャクニチソウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.464 Å

データ登録者

Vadlamani, G. / Bond, C.S.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Solution NMR and racemic crystallography provide insights into a novel structural class of cyclic plant peptides.
著者: Payne, C.D. / Vadlamani, G. / Hajiaghaalipour, F. / Muhammad, T. / Fisher, M.F. / Andersson, H.S. / Goransson, U. / Clark, R.J. / Bond, C.S. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mmy.cif.gz	37.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mmy.ent.gz	24.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m3uC 7l51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2odc-d 1iy6-d 7a9a-2 1x3q-d 2kqq-d 1i6f-d 3thk-2 2ltz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDP-23

B: PDP-23

6.27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.527, 49.008, 29.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.284, 90.000
Int Tables number	14
Space group name H-M	P12₁/n1

#1: タンパク質・ペプチド	PDP-23 分子量: 3135.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zinnia elegans (ヒャクニチソウ)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 22.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystals were obtained from a racemic mix of 7mg/ml each of L- and D-peptide in 0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月13日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→49.01 Å / Num. obs: 13346 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 515 / CC_1/2: 0.833 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7L51

7l51

解像度: 1.464→25.198 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.514 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2763	619	4.747 %
R_work	0.1881	12422	-
all	0.192	-	-
obs	-	13041	98.691 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.867 Å²	-0 Å²	-0.719 Å²
2-	-	-2.209 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.464→25.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	438	0	0	45	483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.62	715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.664	1.554	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.137	5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.36	22.5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.299	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.2	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.263	1.894	247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.251	1.894	246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.858	2.873	314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.854	2.872	315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.108	2.45	266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.999	2.443	264
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.811	3.513	400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.669	3.508	400
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.129	23.982	551
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.145	23.674	547
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.917	3	879

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.464-1.502	0.355	44	0.302	792	0.305	958	0.949	0.952	87.2651	0.277
1.502-1.543	0.358	49	0.271	904	0.275	958	0.903	0.966	99.4781	0.253
1.543-1.588	0.292	48	0.274	857	0.275	909	0.948	0.964	99.56	0.253
1.588-1.636	0.333	58	0.258	871	0.262	935	0.921	0.96	99.3583	0.236
1.636-1.69	0.289	50	0.251	789	0.253	840	0.895	0.957	99.881	0.232
1.69-1.749	0.396	39	0.227	809	0.233	851	0.948	0.966	99.6475	0.211
1.749-1.814	0.305	23	0.2	789	0.202	814	0.938	0.98	99.7543	0.188
1.814-1.888	0.246	17	0.182	758	0.183	776	0.968	0.988	99.8711	0.175
1.888-1.972	0.332	34	0.178	731	0.185	766	0.944	0.985	99.8695	0.173
1.972-2.067	0.289	44	0.192	663	0.198	708	0.935	0.978	99.8588	0.194
2.067-2.178	0.262	30	0.177	646	0.181	677	0.941	0.98	99.8523	0.182
2.178-2.309	0.197	15	0.172	634	0.173	650	0.969	0.982	99.8462	0.182
2.309-2.467	0.319	31	0.168	575	0.175	611	0.96	0.983	99.1817	0.186
2.467-2.663	0.316	16	0.193	548	0.195	565	0.946	0.978	99.823	0.215
2.663-2.914	0.27	25	0.179	490	0.183	517	0.953	0.978	99.6132	0.203
2.914-3.252	0.271	34	0.161	425	0.169	464	0.964	0.984	98.9224	0.197
3.252-3.745	0.215	26	0.16	395	0.163	424	0.976	0.985	99.2924	0.209
3.745-4.561	0.297	9	0.139	341	0.142	351	0.975	0.99	99.7151	0.191
4.561-6.347	0.217	19	0.179	255	0.182	276	0.974	0.984	99.2754	0.247
6.347-25.198	0.283	8	0.233	150	0.235	160	0.966	0.964	98.75	0.294

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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