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万見
- PDB-7l51: Solution NMR structure of the dimeric form of the cyclic plant pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l51
タイトルSolution NMR structure of the dimeric form of the cyclic plant protein PDP-23 in H2O
要素Cyclic plant protein PDP-23
キーワードPLANT PROTEIN / macrocyclic peptide / paws derived peptide
生物種Zinnia elegans (ヒャクニチソウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Payne, C.D. / Rosengren, K.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190102058 オーストラリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: A chameleonic macrocyclic peptide with drug delivery applications.
著者: Payne, C.D. / Franke, B. / Fisher, M.F. / Hajiaghaalipour, F. / McAleese, C.E. / Song, A. / Eliasson, C. / Zhang, J. / Jayasena, A.S. / Vadlamani, G. / Clark, R.J. / Minchin, R.F. / Mylne, J.S. / Rosengren, K.J.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic plant protein PDP-23
B: Cyclic plant protein PDP-23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2712
ポリマ－6,2712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Assembly evident from large number of intermolecular NOEs
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1480 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3710 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with acceptable covalent geometry, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cyclic plant protein PDP-23


分子量: 3135.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zinnia elegans (ヒャクニチソウ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic21D
121isotropic22D 1H-1H TOCSY
131isotropic22D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC
571isotropic12D 1H-1H TOCSY
481isotropic12D 1H-1H TOCSY
391isotropic12D 1H-1H TOCSY
261isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 2 mg/mL PDP-23, 90% H2O/10% D2O / 詳細: PDP-23 (~1mg) dissolved in 550 ul 90:10 H2O/D2O / Label: PDP-23 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2 mg/mL / 構成要素: PDP-23 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1298 K for structure determination0 mMPDP-23 298K5ambient 298 K
5288 K for HN Temperature Coefficient data0 mMPDP-23 288K5ambient 288 K
4293 K for HN Temperature Coefficient data0 mMPDP-23 293K5ambient 293 K
3303 K for HN Temperature Coefficient data0 mMPDP-23 303K5ambient 303 K
2308 K for HN Temperature Coefficient data0 mMPDP-23 308K5ambient 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001with cryoprobe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002with cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing4Simulated annealing using torsion angle dynamics
simulated annealing7refinement in explicit water using cartesian space
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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