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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mg3 | |||||||||
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タイトル | Concanavalin A crystallized in the presence of H2N-ATAT | |||||||||
![]() | Concanavalin-A | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN/DNA / Lectin / SUGAR BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Mirkin, C.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Redefining Protein Interfaces within Protein Single Crystals with DNA. 著者: Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Han, Z. / Mirkin, C.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mg1C ![]() 7mg2C ![]() 7mg4C ![]() 7mg5C ![]() 7mg6C ![]() 7mg7C ![]() 7mg8C ![]() 7mg9C ![]() 7mgaC ![]() 7mgbC ![]() 7mgcC ![]() 7mgdC ![]() 1jbcS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM) and 5'-ATAT-3' (128 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition D11: 0.2 M lithium chloride, 0.05 M bis-Tris (pH 7), ...詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM) and 5'-ATAT-3' (128 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition D11: 0.2 M lithium chloride, 0.05 M bis-Tris (pH 7), 22% w/v PEG 2000 MME). Reservoir contained 70 uL of crystallization condition. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→51.02 Å / Num. obs: 29176 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 9.68 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 5.5469 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 9.88 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 4450 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JBC 解像度: 1.6→51.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.912 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The authors state that the electron density was not observed for the oligonucleotide H2N-ATAT, though it was present in the crystallization solution from which this crystal of ConA was ...詳細: The authors state that the electron density was not observed for the oligonucleotide H2N-ATAT, though it was present in the crystallization solution from which this crystal of ConA was obtained. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.02 Å
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拘束条件 |
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