[日本語] English
万見
- PDB-7mes: Structure of ALDH4A1 complexed with trans-4-Hydroxy-D-proline -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mes
タイトルStructure of ALDH4A1 complexed with trans-4-Hydroxy-D-proline
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / nucleotide binding (ヌクレオチド) / acting on aldehyde or oxo group of donors / NAD or NADP as acceptor / mitochondria (ミトコンドリア)
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / (4S)-4-hydroxy-D-proline / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Bogner, A.N. / Stiers, K.M. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132640 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the stereospecific inhibition of the dual proline/hydroxyproline catabolic enzyme ALDH4A1 by trans-4-hydroxy-L-proline.
著者: Bogner, A.N. / Stiers, K.M. / McKay, C.M. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,89915
ポリマ－123,9082
非ポリマー2,99113
水11,476637
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.744, 94.105, 131.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CHT0, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 650分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UY7 / (4S)-4-hydroxy-D-proline / 4α-ヒドロキシ-D-プロリン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis Tris pH 6-7, 15-25% PEG 3350, and 0.2 M Li2SO4
PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→131.64 Å / Num. obs: 221058 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 16.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 23.7 / Num. measured all: 1874978
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Num. measured all: 71818 / Num. unique obs: 9660 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.656 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3v9j

3v9j


解像度: 1.37→76.55 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 15.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1717 10978 4.97 %
Rwork0.1606 209937 -
obs0.1612 220915 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.48 Å2 / Biso mean: 20.0651 Å2 / Biso min: 11.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→76.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7993 0 158 637 8788
Biso mean--25.65 25.67 -
残基数----1050
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.37-1.380.24542920.21985783607583
1.38-1.40.23063680.202569837351100
1.4-1.410.21093360.193470037339100
1.41-1.430.19793810.186169507331100
1.43-1.450.2213850.187369137298100
1.45-1.470.19743810.177470107391100
1.47-1.490.18873460.18470137359100
1.49-1.510.20573700.187969667336100
1.51-1.540.19033870.173869467333100
1.54-1.560.18993830.169469877370100
1.56-1.590.18133710.166669677338100
1.59-1.620.17463560.16169747330100
1.62-1.650.18123940.155769977391100
1.65-1.680.183570.153470157372100
1.68-1.720.18243420.155770137355100
1.72-1.760.17593610.155970167377100
1.76-1.80.19213510.166270407391100
1.8-1.850.18643660.17169767342100
1.85-1.910.19633670.165870397406100
1.91-1.970.17243820.154770447426100
1.97-2.040.15413340.155270537387100
2.04-2.120.1823770.153970317408100
2.12-2.220.16963500.154970677417100
2.22-2.340.15323920.151770547446100
2.34-2.480.16433880.155970787466100
2.48-2.670.17143740.155970557429100
2.67-2.940.18143570.167371707527100
2.94-3.370.1763820.169771107492100
3.37-4.240.14623450.148572517596100
4.24-76.550.1594030.156574337836100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4464-0.0325-0.0310.19850.1230.59120.0006-0.02240.034-0.01650.0084-0.0097-0.03970.0277-0.01250.121-0.00280.00220.09250.00670.119820.46580.15372.6865
20.659-0.0685-0.03720.32050.06460.3146-0.0205-0.14130.06830.03990.0191-0.0098-0.0387-0.0190.00450.12210.015800.1018-0.01330.1163-13.65057.057919.6455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and peptide and (not resname UY7)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and peptide and (not resname UY7)B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る