PDB-6rtu: Piperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rtu

タイトル

Piperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuligerus complexed with alpha-aminoadipic acid

要素

Semialdehyde dehydrogenase Pcd

キーワード

OXIDOREDUCTASE / antibiotic biosynthesis / Streptomyces clavuligerus

機能・相同性

機能・相同性情報

aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hasse, D. / Huelsemann, J. / Carlsson, G. / Andersson, I.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of piperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuligerus.
著者: Hasse, D. / Hulsemann, J. / Carlsson, G.H. / Valegard, K. / Andersson, I.

履歴

登録	2019年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rtu.cif.gz	218.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rtu.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rtu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rtrSC 6rtsC 6rttC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rts-1 5exf-1 4mpb-3 1bpw-d 1a4s-d 2o2p-d 5exf-2 5f2c-1 4h73-5 4qn2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

ヘテロ分子

A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.640, 130.480, 157.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-989- HOH
2	1	B-1080- HOH
3	1	B-1156- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Semialdehyde dehydrogenase Pcd 分子量: 54088.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 (バクテリア) 遺伝子: pcd / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: O85725

-
非ポリマー , 5種, 784分子

#2: 化合物	ChemComp-UN1 / 2-AMINOHEXANEDIOIC ACID / L-α-アミノアジピン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5, 2.2 M ammonium sulphate, 0.2 M lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.6 Å / Num. obs: 89138 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 7528 / R_rim(I) all: 0.721 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RTR

6rtr

解像度: 1.9→45.575 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.87

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	4458	5 %	Random selection
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.1671	89138	97.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7465	0	95	767	8327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	10505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.208	4587
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8974-1.919	0.3869	126	0.3846	2377	X-RAY DIFFRACTION	83
1.919-1.9415	0.3341	133	0.2977	2524	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9415-1.9652	0.3091	138	0.2617	2626	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9652-1.9901	0.2734	145	0.2234	2767	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9901-2.0163	0.2502	148	0.2166	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0163-2.0439	0.2541	153	0.2075	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0439-2.0731	0.226	147	0.1945	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0731-2.104	0.2487	151	0.179	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.1369	0.2027	151	0.1799	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1369-2.172	0.2316	149	0.1806	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.2094	0.2549	151	0.183	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2094-2.2496	0.2319	150	0.1826	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2496-2.2929	0.2348	149	0.1784	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2929-2.3397	0.222	150	0.1748	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3397-2.3905	0.2197	151	0.1652	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3905-2.4461	0.2162	151	0.1664	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4461-2.5073	0.2124	151	0.1604	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5073-2.5751	0.2137	150	0.1599	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5751-2.6508	0.2113	151	0.1648	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6508-2.7364	0.2172	150	0.1657	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7364-2.8342	0.2126	151	0.169	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8342-2.9476	0.1984	153	0.166	2903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9476-3.0818	0.2085	150	0.1636	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0818-3.2442	0.2	151	0.1593	2863	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2442-3.4474	0.2072	152	0.1509	2894	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4474-3.7135	0.1822	150	0.1415	2843	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7135-4.087	0.1732	152	0.1355	2883	X-RAY DIFFRACTION	98
4.087-4.6778	0.1595	149	0.1296	2842	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6778-5.8916	0.1959	151	0.1554	2853	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8916-45.5878	0.1796	154	0.1531	2925	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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