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- PDB-7mer: Structure of ALDH4A1 complexed with trans-4-Hydroxy-L-proline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mer
タイトルStructure of ALDH4A1 complexed with trans-4-Hydroxy-L-proline
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / Rossmann fold / nucleotide binding / acting on aldehyde or oxo group of donors / NAD or NADP as acceptor / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYPROLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Bogner, A.N. / Stiers, K.M. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132640 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the stereospecific inhibition of the dual proline/hydroxyproline catabolic enzyme ALDH4A1 by trans-4-hydroxy-L-proline.
著者: Bogner, A.N. / Stiers, K.M. / McKay, C.M. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9459
ポリマ－123,9082
非ポリマー1,0377
水13,637757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area34450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.056, 94.600, 132.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CHT0, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 764分子

#2: 化合物 ChemComp-HYP / 4-HYDROXYPROLINE / HYDROXYPROLINE / ヒドロキシプロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis Tris pH 6-7, 15-25% PEG 3350, and 0.2 M Li2SO4
PH範囲: 6-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→132.59 Å / Num. obs: 110402 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 16.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 904402 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.777.21.0783759152070.6620.4181.161.995.6
9.51-132.597.40.03257297740.9990.0120.03432.798.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3V9J

3v9j


解像度: 1.74→77.01 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 5538 5.02 %
Rwork0.1639 104770 -
obs0.1652 110308 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.31 Å2 / Biso mean: 17.6193 Å2 / Biso min: 7.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→77.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 67 757 8997
Biso mean--26.52 24 -
残基数----1067
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.760.36681730.33583217339093
1.76-1.780.31241700.278734593629100
1.78-1.80.26262040.249934653669100
1.8-1.820.29341930.240434713664100
1.82-1.850.24561680.21834693637100
1.85-1.870.26091820.192834703652100
1.87-1.90.19061630.181435093672100
1.9-1.930.20341730.169534713644100
1.93-1.960.19591770.161434603637100
1.96-1.990.17451830.162234593642100
1.99-2.020.22492020.160634573659100
2.02-2.060.21950.162934673662100
2.06-2.10.19911790.16334783657100
2.1-2.140.20631850.170834823667100
2.14-2.190.21091800.176635013681100
2.19-2.240.22321700.177535013671100
2.24-2.30.18252010.16634693670100
2.3-2.360.16841790.154335003679100
2.36-2.430.20041730.159134733646100
2.43-2.510.21211750.160635223697100
2.51-2.590.2031860.159534963682100
2.59-2.70.18261770.1635103687100
2.7-2.820.18641990.162734963695100
2.82-2.970.18542020.157235133715100
2.97-3.160.18031920.164935153707100
3.16-3.40.19581840.167535363720100
3.4-3.740.16681890.143835313720100
3.74-4.280.14311900.13435623752100
4.28-5.40.14631890.13173581377099
5.4-77.010.16652050.15763730393599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4497-0.012-0.02110.2460.09570.5057-0.0041-0.01990.0365-0.01360.0083-0.0095-0.03490.025-0.01350.0954-0.00040.00330.06770.00740.100819.9010.65163.4589
20.7785-0.143-0.15230.32910.06690.2446-0.0184-0.16650.06380.0550.02420.0017-0.02420.0072-0.00080.13220.0101-0.00350.1071-0.01190.1107-12.63346.947518.9385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and peptide and (not resname HYP)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and peptide and (not resname HYP)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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