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- PDB-7mbl: Crystal structure of Equine Serum Albumin in complex with Cobalt (II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mbl
タイトルCrystal structure of Equine Serum Albumin in complex with Cobalt (II)
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / serum albumin / complex with Cobalt / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Czub, M.P. / Handing, K.B. / Cymborowski, M.T. / Grabowski, M. / Cooper, D.R. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterisation of Co 2+ -binding sites on serum albumins and their interplay with fatty acids.
著者: Wu, D. / Gucwa, M. / Czub, M.P. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Fritzen, R. / Arya, S. / Schwarz-Linek, U. / Blindauer, C.A. / Minor, W. / Stewart, A.J.
履歴
登録2021年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,44710
ポリマ－65,7681
非ポリマー6799
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.312, 93.312, 141.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: isolated from blood of common horse (Equus caballus)
由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: blood / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7.4
詳細: Protein: 1 uL of 34 mg/mL ESA dissolved in 10 mM Tris (pH 7.4) and 150 mM NaCl. Precipitant: 1 uL of 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.4. 15-Well hanging drop ...詳細: Protein: 1 uL of 34 mg/mL ESA dissolved in 10 mM Tris (pH 7.4) and 150 mM NaCl. Precipitant: 1 uL of 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.4. 15-Well hanging drop crystallization plate (Qiagen, EasyXtal). 3.3 uL of 50 mM cobalt (II) chloride dissolved in the reservoir solution were added directly to the 2 uL crystallization drop containing crystals to reach a final cobalt concentration of 31 mM and then incubated for a few hours before harvesting. Paratone was used as a cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月1日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled;
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 19239 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 0.854 / Net I/av σ(I): 17.28 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
2.7-2.755.11.1241.39820.7510.9260.5571.2561.1240.802100
2.75-2.85.10.8659160.7980.4260.9650.816100
2.8-2.855.10.7329780.8060.3620.8180.793100
2.85-2.915.10.629620.8640.3060.6920.766100
2.91-2.975.10.5139570.9180.2530.5720.89100
2.97-3.0450.4279550.8850.2140.4791.399100
3.04-3.1250.3899690.9430.1940.4361.014100
3.12-3.25.10.289520.9040.140.3131.161100
3.2-3.35.10.229540.9750.1090.2460.769100
3.3-3.45.10.1449460.9890.0710.1610.739100
3.4-3.525.10.1329730.980.0650.1480.771100
3.52-3.665.10.0989540.9920.0490.110.725100
3.66-3.835.10.0889620.9940.0430.0980.821100
3.83-4.035.10.0789720.9940.0390.0870.877100
4.03-4.295.10.0549520.9960.0270.0610.719100
4.29-4.6250.0599630.9960.0290.0661.117100
4.62-5.0850.0399600.9980.0190.0440.622100
5.08-5.8150.0459830.9980.0220.0510.65100
5.81-7.3250.0359690.9980.0180.040.572100
7.32-504.60.0279800.9980.0140.0311.09998.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IIU

5iiu


解像度: 2.7→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.1802 / FOM work R set: 0.7456 / SU B: 35.506 / SU ML: 0.335 / SU Rfree: 0.4264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2892 928 5.2 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2174 16913 92.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.97 Å2 / Biso mean: 58.041 Å2 / Biso min: 16.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4582 0 25 67 4674
Biso mean--94.83 61.37 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.656375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.151.58510277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9475580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02723.691233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2615851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9111520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02973
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 29 -
Rwork0.281 682 -
all-711 -
obs--49.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.105 Å / Origin y: 16.756 Å / Origin z: 70.759 Å
111213212223313233
T0.1476 Å2-0.0874 Å2-0.0308 Å2-0.1664 Å20.0394 Å2--0.0287 Å2
L0.3947 °2-0.0359 °20.3778 °2-1.3317 °20.6864 °2--1.8729 °2
S-0.0382 Å °0.0609 Å °0.0427 Å °-0.1126 Å °0.0083 Å °-0.1297 Å °-0.1661 Å °0.351 Å °0.0299 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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