+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7m94 | ||||||
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Title | Bovine sigma-2 receptor bound to Roluperidone | ||||||
Components | Sigma intracellular receptor 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / receptor / sterol / dimer | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / positive regulation of lipoprotein transport / rough endoplasmic reticulum membrane / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane ...regulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / positive regulation of lipoprotein transport / rough endoplasmic reticulum membrane / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane / lysosome / endoplasmic reticulum / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71 Å | ||||||
Authors | Alon, A. / Kruse, A.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: Structures of the sigma 2 receptor enable docking for bioactive ligand discovery. Authors: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / ...Authors: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / Shoichet, B.K. / Kruse, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7m94.cif.gz | 355 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7m94.ent.gz | 242.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7m94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m94 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7m93SC 7m95C 7m96C 7mfiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20229.896 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: TMEM97, S2R / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q3MHW7 #2: Chemical | ChemComp-YT7 / #3: Chemical | ChemComp-OLC / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 Details: PEG 300, 0.1 M MES pH 6, 500 mM NaCl, 60 mM succinate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033167 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2019 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.71→49.84 Å / Num. obs: 20340 / % possible obs: 99.54 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 65.09 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.71→2.81 Å / Num. unique obs: 3222 / CC1/2: 0.366 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7M93 Resolution: 2.71→49.84 Å / SU ML: 0.4044 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.9758 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→49.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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