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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7mfi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Bovine sigma-2 receptor bound to cholesterol | ||||||
Components | Sigma intracellular receptor 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / receptor / sterol / dimer | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of lipoprotein transport / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane ...regulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of lipoprotein transport / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane / lysosome / endoplasmic reticulum / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81 Å | ||||||
Authors | Alon, A. / Kruse, A.C. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2021Title: Structures of the sigma 2 receptor enable docking for bioactive ligand discovery. Authors: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / ...Authors: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / Shoichet, B.K. / Kruse, A.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7mfi.cif.gz | 328.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7mfi.ent.gz | 236.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7mfi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7mfi_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7mfi_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
| Data in XML | 7mfi_validation.xml.gz | 27.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7mfi_validation.cif.gz | 35 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7m93SC ![]() 7m94C ![]() 7m95C ![]() 7m96C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20229.896 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CLR / #3: Chemical | ChemComp-OLC / ( #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.37 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 Details: PEG 300 400 mM Na Citrate 100 mM MES pH 6 1,2,3 heptanetriol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2019 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 17737 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.64 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.3223 / Rpim(I) all: 0.1341 / Rrim(I) all: 0.3496 / Net I/σ(I): 5.35 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 1752 / CC1/2: 0.426 / CC star: 0.773 / Rpim(I) all: 0.9 / Rrim(I) all: 2.383 / % possible all: 98.54 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7M93 Resolution: 2.81→47.24 Å / SU ML: 0.5022 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.2462 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 64.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→47.24 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation











PDBj













