PDB-7m7k: Crystal structure of uridine bound to Geobacillus thermoglucosida...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m7k

タイトル

Crystal structure of uridine bound to Geobacillus thermoglucosidasius pyrimidine nucleoside phosphorylase PyNP

要素

Pyrimidine-nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Pyrimidine / Nucleoside / Phosphorylase / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine-nucleoside phosphorylase activity / deoxyuridine phosphorylase activity / pyrimidine-nucleoside phosphorylase / pyrimidine nucleoside metabolic process / thymidine phosphorylase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Pausch, P. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Diversification of 4'-Methylated Nucleosides by Nucleoside Phosphorylases
著者: Kaspar, F. / Seeger, M. / Westarp, S. / Kollmann, C. / Lehmann, A.P. / Pausch, P. / Kemper, S. / Neubauer, P. / Bange, G. / Schallmey, A. / Werz, D.B. / Kurreck, A.

履歴

登録	2021年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m7k.cif.gz	215.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m7k.ent.gz	137.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m7k_validation.pdf.gz	750.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m7k_full_validation.pdf.gz	751.6 KB	表示
XML形式データ	7m7k_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7m7k_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1brwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yyy-1 1azy-d 3h5q-1 5oln-d 4xr5-d 1otp-1 5ep8-d 2tpt-1 2dsj-d 6zq4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NP-II family PyNP enzymes typically dimerize via the N-terminal alpha-helical domain (for reference see DOI: 10.1042/bj3610001)
94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.262, 84.262, 121.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Pyrimidine-nucleoside phosphorylase 分子量: 46864.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 遺伝子: DV714_16680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A369WPE5, pyrimidine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate and 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→49.33 Å / Num. obs: 35436 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.26
反射シェル	解像度: 1.893→1.961 Å / Num. unique obs: 3340 / CC_1/2: 0.489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3845	精密化
PHENIX	1.18_3845	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BRW

1brw

解像度: 1.89→49.33 Å / SU ML: 0.2094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	3296	4.97 %
R_work	0.1737	63019	-
obs	0.1755	35431	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3229	0	32	360	3621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	3300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7927	4457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5738	1227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.92	0.3459	135	0.3027	2302	X-RAY DIFFRACTION	87.82
1.92-1.95	0.3047	134	0.2789	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.3173	118	0.2632	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2914	131	0.2477	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2612	144	0.2324	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.3022	146	0.218	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.2551	125	0.211	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2113	116	0.2045	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.262	140	0.1949	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.21-2.27	0.2572	135	0.1852	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.2127	129	0.1754	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.2387	137	0.1658	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.1824	126	0.1628	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.53	0.1932	145	0.168	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.63	0.218	138	0.1712	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.73	0.1942	147	0.1633	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.85	0.2202	176	0.1795	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.01	0.2607	148	0.1663	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.01-3.19	0.2514	124	0.1728	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.44	0.1878	144	0.1607	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.17	144	0.1533	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.33	0.166	132	0.1321	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-5.46	0.1728	144	0.141	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-49.33	0.1625	138	0.1826	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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