PDB-7m7d: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m7d

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with IACS-8968

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / IDO1 / Inhibitor / Enzyme / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Leonard, P.G. / Cross, J.B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of IACS-9779 and IACS-70465 as Potent Inhibitors Targeting Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Apoenzyme.
著者: Hamilton, M.M. / Mseeh, F. / McAfoos, T.J. / Leonard, P.G. / Reyna, N.J. / Harris, A.L. / Xu, A. / Han, M. / Soth, M.J. / Czako, B. / Theroff, J.P. / Mandal, P.K. / Burke, J.P. / Virgin- ...

履歴

登録	2021年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m7d.cif.gz	354.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m7d.ent.gz	259.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b1oC 7m63C 5etwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7e0u-1 6kw7-2 6wpe-2 6e46-4 2d0u-1 5ek2-1 6e43-1 5wmx-1 6cxu-2 5ek4-2 2d0u-2 7e0u-2 6azv-2 6wjy-2 6kof-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

94.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.860, 91.790, 128.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 46295.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-YRM / (5S)-6,6-dimethyl-8-[(4S)-7-(trifluoromethyl)imidazo[1,5-a]pyridin-5-yl]-1,3,8-triazaspiro[4.5]decane-2,4-dione 分子量: 381.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈F₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.0, 18% (w/v) PEG6000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→91.79 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 460177 / Scaling rejects: 993

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.72	14.5	2.455	55883	3841	0.725	0.665	2.544	1.5	100
9.01-91.79	11.3	0.099	9929	878	0.993	0.029	0.103	19.6	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	7.2.2	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PHENIX	1.19.1-4122-000	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ETW

5etw

解像度: 2.6→33.29 Å / SU ML: 0.4112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	1609	5.04 %
R_work	0.2088	30344	-
obs	0.2101	31953	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5919	0	140	7	6066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5952	8452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0364	904
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.024	2276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.68	0.4303	152	0.3694	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.68-2.78	0.3662	166	0.3339	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.78-2.89	0.3453	135	0.297	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.89-3.02	0.3194	130	0.2791	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.18	0.3265	138	0.2797	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.38	0.3029	131	0.2781	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.64	0.2735	169	0.2336	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.64-4.01	0.2509	126	0.192	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.01-4.59	0.1913	142	0.1723	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.77	0.2036	171	0.1726	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-33.29	0.1686	149	0.1726	2929	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.71703686957	-0.44943340439	2.62543130166	2.89264631081	-0.37679264938	5.9531672249	-0.221696358882	-0.869284661466	0.418143921231	-0.000228282917917	-0.246978552363	0.642808406288	-0.159877916696	-1.42083379751	0.368429658144	0.515992905027	0.0884317542303	-0.0531665899906	0.668781737829	-0.293014358423	0.697607672911	-46.3445451037	-25.2172228998	-25.7708861695
2	5.58363087348	-1.59271876459	3.79546046384	1.54766104838	-1.02889731407	4.81074629627	0.143827104891	0.125890815531	-0.0653280199256	-0.212915933626	-0.204307088988	0.0307978306938	0.36088943414	0.121100038197	0.0105252796171	0.484045592725	0.0889140361382	-0.0133898959652	0.378935896574	-0.0999857015835	0.476645760938	-29.1890960328	-30.3587652638	-25.4464182597
3	5.21235306594	-0.357434273441	3.82327896692	2.63753986252	-0.268317576475	4.28991238455	-0.0241835001063	0.495625387519	0.186249220234	-0.0965855683677	-0.177414893862	-0.131749330845	0.100766019853	0.555492765509	0.309429526576	0.459506029926	0.0573134237835	-0.0268118162585	0.435248653651	-0.0110790534066	0.43365512532	-20.0256018273	-28.2743901992	-24.2176130262
4	6.35174549804	5.05886307887	4.17657632748	5.24283957334	2.02673433586	8.81926398676	0.650627742959	1.63684297443	0.138947765834	-0.763584605628	-0.920186429025	-1.07735338158	0.214185149184	1.96956418428	-0.0229572169843	0.66724914289	0.239955831569	0.123884259977	1.4086074165	0.00458244265332	0.501270986087	-13.2436341075	-29.6596008325	-31.611906883
5	6.03807386407	0.604425300109	-0.809173283012	3.70307765981	-1.22601863349	2.55700806364	0.0564770529354	-0.147599144318	-0.112858636771	0.0807747167849	-0.579877888309	-0.914951163925	-0.224144119742	1.87603618463	0.38902653348	0.571816052829	-0.136084844027	-0.0880719561964	1.52066392124	0.186933260915	0.795321727257	-0.937595389153	-0.191135232182	-15.3895032132
6	5.95785480138	0.982008853934	-2.95880417571	1.8217840718	-0.917493067583	4.80552015668	0.0394572798212	0.178989402265	0.469949400952	-0.0618091110971	-0.0218782003983	0.0101241717077	-0.286022703405	0.707834384559	-0.00592982577849	0.520737872062	-0.145535060857	-0.0659899942452	0.710891279477	0.0139280261626	0.412011955202	-18.6164030493	1.70235869976	-13.0258434341
7	4.4702305059	0.0459865936306	-1.39578061878	2.69234471106	-0.459517310245	4.69175026874	-0.177618062762	0.763925363766	-0.166524126398	0.118216274256	-0.0115679570726	0.157421799317	0.162305367796	-0.206281324459	0.204370659023	0.410507636834	-0.125709410929	0.000673714819973	0.596022197666	-0.0301329653861	0.440192321576	-27.3232999983	-1.59874280498	-13.9794221994
8	6.37050591129	3.39296656994	-0.448715392994	3.60004982221	-2.9902003538	4.28880834928	-0.164943836242	2.00350500567	0.853983946903	-0.40493273028	0.617403908556	0.80590070847	-0.424598139836	-1.35874000245	-0.651364576137	0.576559470651	-0.00878647056482	-0.0499218310841	0.87671781204	0.145446738763	0.670682605375	-33.0034880968	3.09542497211	-20.7446925755

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 159 )	A	A	11 - 159	1 - 149
2	2	chain 'A' and (resid 160 through 258 )	A	A	160 - 258	150 - 248
3	3	chain 'A' and (resid 259 through 361 )	A	A	259 - 361	249 - 351
4	4	chain 'A' and (resid 383 through 402 )	A	A	383 - 402	352 - 371
5	5	chain 'B' and (resid 11 through 159 )	B	E	11 - 159	1 - 149
6	6	chain 'B' and (resid 160 through 258 )	B	E	160 - 258	150 - 248
7	7	chain 'B' and (resid 259 through 362 )	B	E	259 - 362	249 - 352
8	8	chain 'B' and (resid 380 through 401 )	B	E	380 - 401	353 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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