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- PDB-7m4s: Crystal structure of macrocyclase AMdnB from Anabaena sp. PCC 7120 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m4s
タイトルCrystal structure of macrocyclase AMdnB from Anabaena sp. PCC 7120
要素AMdnB protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Natural products / RiPPs / macrocyclase
機能・相同性ATP-grasp ribosomal peptide maturase, MvdC family / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-binding / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-grasp domain / glutathione synthase activity / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ATP binding / metal ion binding / All7012 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Li, G. / Bruner, S.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical studies of an iterative ribosomal peptide macrocyclase.
著者: Li, G. / Patel, K. / Zhang, Y. / Pugmire, J.K. / Ding, Y. / Bruner, S.D.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMdnB protein
B: AMdnB protein
C: AMdnB protein
D: AMdnB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,1424
ポリマ－165,1424
非ポリマー00
水84747
1
A: AMdnB protein
D: AMdnB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5712
ポリマ－82,5712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28110 Å2
手法PISA
2
B: AMdnB protein
C: AMdnB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5712
ポリマ－82,5712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.479, 132.464, 83.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.005, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUSERSER(chain 'A' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))AA3 - 17737 - 211
12LEULEUALAALA(chain 'A' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))AA197 - 236231 - 270
13GLUGLUGLNGLN(chain 'A' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))AA252 - 325286 - 359
21LEULEUSERSER(chain 'B' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))BB3 - 17737 - 211
22LEULEUALAALA(chain 'B' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))BB197 - 236231 - 270
23GLUGLUGLNGLN(chain 'B' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))BB252 - 325286 - 359
31LEULEUSERSER(chain 'C' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))CC3 - 17737 - 211
32LEULEUALAALA(chain 'C' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))CC197 - 236231 - 270
33GLUGLUGLNGLN(chain 'C' and (resid 3 through 178 or resid 197 through 237 or resid 252 through 326))CC252 - 325286 - 359
41LEULEUSERSERchain 'D'DD3 - 17737 - 211
42LEULEUALAALAchain 'D'DD197 - 236231 - 270
43GLUGLUGLNGLNchain 'D'DD252 - 325286 - 359

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要素

#1: タンパク質
AMdnB protein


分子量: 41285.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YLC3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: Hexagon-shaped crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.18 M Tri-ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350 and 0.012 M praseodymium (III) acetate hydrate
PH範囲: 8.5 / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.493→41.5 Å / Num. obs: 45272 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 44.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1459 / Rpim(I) all: 0.06129 / Rrim(I) all: 0.1586 / Net I/σ(I): 9.29
反射 シェル解像度: 2.493→2.582 Å / Rmerge(I) obs: 1.265 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 4314 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.5103 / % possible all: 93.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIXv1.19.2精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ig8

5ig8


解像度: 2.493→41.5 Å / SU ML: 0.3677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 2339 5.17 %
Rwork0.1986 42902 -
obs0.2016 45241 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.493→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9891 0 0 47 9938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011910135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.723413781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07581514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01091786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.75311311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.540.35571470.27452284X-RAY DIFFRACTION89.54
2.54-2.60.31131570.25692492X-RAY DIFFRACTION97.79
2.6-2.660.34511460.25092537X-RAY DIFFRACTION97.74
2.66-2.730.32221550.24052435X-RAY DIFFRACTION98.07
2.73-2.80.37451380.24662547X-RAY DIFFRACTION97.35
2.8-2.880.37171360.24172528X-RAY DIFFRACTION98.48
2.88-2.970.32221410.23772518X-RAY DIFFRACTION97.87
2.98-3.080.30421260.23772556X-RAY DIFFRACTION98.1
3.08-3.20.29551330.21962535X-RAY DIFFRACTION98.49
3.2-3.350.25981290.21462538X-RAY DIFFRACTION98.34
3.35-3.530.28241370.21152552X-RAY DIFFRACTION98.39
3.53-3.750.25971210.19182561X-RAY DIFFRACTION98.68
3.75-4.040.22391410.18182549X-RAY DIFFRACTION98.39
4.04-4.440.22831570.16842537X-RAY DIFFRACTION98.5
4.44-5.080.20421360.162552X-RAY DIFFRACTION98.43
5.08-6.40.21411250.19362578X-RAY DIFFRACTION98.33
6.4-41.50.20311140.17082603X-RAY DIFFRACTION97.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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