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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m3t | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of a cubic crystal of STMV (80.7 degree rotation about 111) grown from chloride | ||||||
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![]() | VIRUS/RNA / VIRUS-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Coat protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McPherson, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts. 著者: McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 111 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 157.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 3種, 20分子 ABCDEFHIJKLMOGGHHIIJJKKGN
#1: タンパク質 | 分子量: 17533.949 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P17574 #2: タンパク質 | | 分子量: 17519.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P17574 #3: タンパク質 | | 分子量: 17562.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P17574 |
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-RNA鎖 , 7種, 19分子 PSTVXYaTTUUeWWhillmkknqqbb
#4: RNA鎖 | 分子量: 3247.100 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide decamer 由来: (天然) ![]() #5: RNA鎖 | 分子量: 3629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dodecamer 由来: (天然) ![]() #6: RNA鎖 | | 分子量: 3652.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA nucleotide dodecamer 由来: (天然) ![]() #7: RNA鎖 | 分子量: 3322.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide undecamer 由来: (天然) ![]() #8: RNA鎖 | 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide decamer 由来: (天然) ![]() #9: RNA鎖 | 分子量: 2404.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide octamer 由来: (天然) ![]() #10: RNA鎖 | | 分子量: 3905.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide dodecamer 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 1086分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#11: 化合物 | ChemComp-PO4 / #12: 化合物 | ChemComp-CL / #13: 化合物 | ChemComp-MG / #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 % / 解説: Crystals were large octahedra |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were equal volumes of 5 mg/ml STMV in 0.1 M phosphate at pH 6.5 and the reservoir ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using 0.6 ml reservoirs. The drops were equal volumes of 5 mg/ml STMV in 0.1 M phosphate at pH 6.5 and the reservoir solution, which was 8% w/v NaCl in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was carried out at 4 degrees C. PH範囲: 4.5 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→75 Å / Num. obs: 69957 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.55 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1238 / CC1/2: 0.43 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OQ8 解像度: 3.2→46.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 27.6253 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 87.281597292 Å / Origin y: 173.324634474 Å / Origin z: 26.6288012689 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |