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万見
- PDB-7m3r: Crystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m3r
タイトルCrystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of STMV Grown from Bromide
要素Coat protein
キーワードVIRUS / halide / RNA / twinning / absence / bromide ions / axis ions / ion channel / decapsidation
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / BROMIDE ION / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,135219
ポリマ－350,67920
非ポリマー15,456199
水80,4374465
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,098,405657
ポリマ－1,052,03760
非ポリマー46,368597
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.491, 166.491, 435.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11N-1303-

BR

21GG-213-

BR

31GG-216-

BR

41GG-217-

BR

51B-511-

HOH

61D-563-

HOH

71D-601-

HOH

81D-616-

HOH

91D-620-

HOH

101F-824-

HOH

111H-532-

HOH

121H-559-

HOH

131H-583-

HOH

141K-542-

HOH

151M-631-

HOH

161M-713-

HOH

171M-814-

HOH

181N-1506-

HOH

191N-1555-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574
#2: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
解説: Apex truncated triangular plates very similar in appearance to the monoclinic crystal form and the rhombohedral crystal form grown from chloride.
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with 0.6 ml reservoirs and 6 to 8 ul drops. The drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered at ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with 0.6 ml reservoirs and 6 to 8 ul drops. The drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered at pH 6.5 with 0.1 M phosphate. The reservoirs were 5% w/v NaBr in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was at 4 degrees C and the time of development was about 10 days.
PH範囲: 4.5 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55 Å / Num. obs: 200162 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 13000 / CC1/2: 0.44 / % possible all: 35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
d*TREKデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQ8

4oq8


解像度: 2.1→54.08 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 233.96 / 位相誤差: 22.0814
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 10048 5.69 %
Rwork0.171 188122 -
obs0.1805 199466 76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22605 0 199 4465 27269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002923321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.481131853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04833719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00534156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.23258541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.29371780.23563343X-RAY DIFFRACTION25.54
2.14-2.180.26741800.23193800X-RAY DIFFRACTION29.02
2.18-2.220.28812130.26373940X-RAY DIFFRACTION29.92
2.22-2.260.30182510.21734689X-RAY DIFFRACTION35.78
2.26-2.310.31283030.25055775X-RAY DIFFRACTION44.02
2.31-2.370.29223400.2276715X-RAY DIFFRACTION51.32
2.37-2.430.24714400.2057740X-RAY DIFFRACTION58.77
2.43-2.490.24115240.18948849X-RAY DIFFRACTION67.36
2.49-2.560.25135010.189510064X-RAY DIFFRACTION76.6
2.56-2.650.2415730.1811085X-RAY DIFFRACTION84.5
2.65-2.740.22586660.175111758X-RAY DIFFRACTION89.54
2.74-2.850.21976070.174512130X-RAY DIFFRACTION92.91
2.85-2.980.21335950.1712469X-RAY DIFFRACTION94.73
2.98-3.140.22866480.176212393X-RAY DIFFRACTION94.74
3.14-3.340.22166790.176812462X-RAY DIFFRACTION94.7
3.34-3.590.20796200.175712464X-RAY DIFFRACTION95.13
3.59-3.950.20726470.168512548X-RAY DIFFRACTION95.05
3.95-4.530.16366800.148912385X-RAY DIFFRACTION94.64
4.53-5.70.16866870.145612394X-RAY DIFFRACTION94.69
5.7-54.080.23896770.227312454X-RAY DIFFRACTION94.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7088582164 Å / Origin y: 35.5795839466 Å / Origin z: 8.2450827742 Å
111213212223313233
T0.0914820428572 Å20.00254080047937 Å20.0022625119476 Å2-0.0867445354979 Å2-0.00263641389483 Å2--0.180935328076 Å2
L-0.0657962357378 °20.0223965192784 °20.0509379288006 °2--0.0530161991873 °2-0.0401725249368 °2--0.0250426661749 °2
S-0.00380507772941 Å °-0.0189392840257 Å °0.0086827464445 Å °0.00723299640856 Å °0.00392337188385 Å °-0.0106854018837 Å °-0.00863429490948 Å °0.0298059973549 Å °0.00343324400361 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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