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- PDB-7m3i: Structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m3i
タイトルStructure of SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, CV2-75 Fab
要素
  • CV2-75 Fab Heavy chain
  • CV2-75 Fab Light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / Antibody / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Pancera, M.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Isolation and characterization of cross-neutralizing coronavirus antibodies from COVID-19+ subjects.
著者: Jennewein, M.F. / MacCamy, A.J. / Akins, N.R. / Feng, J. / Homad, L.J. / Hurlburt, N.K. / Seydoux, E. / Wan, Y.H. / Stuart, A.B. / Edara, V.V. / Floyd, K. / Vanderheiden, A. / Mascola, J.R. / ...著者: Jennewein, M.F. / MacCamy, A.J. / Akins, N.R. / Feng, J. / Homad, L.J. / Hurlburt, N.K. / Seydoux, E. / Wan, Y.H. / Stuart, A.B. / Edara, V.V. / Floyd, K. / Vanderheiden, A. / Mascola, J.R. / Doria-Rose, N. / Wang, L. / Yang, E.S. / Chu, H.Y. / Torres, J.L. / Ozorowski, G. / Ward, A.B. / Whaley, R.E. / Cohen, K.W. / Pancera, M. / McElrath, M.J. / Englund, J.A. / Finzi, A. / Suthar, M.S. / McGuire, A.T. / Stamatatos, L.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CV2-75 Fab Heavy chain
B: CV2-75 Fab Light chain
C: Spike protein S1
H: CV2-75 Fab Heavy chain
L: CV2-75 Fab Light chain
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6778
ポリマ－155,2356
非ポリマー4422
水28816
1
A: CV2-75 Fab Heavy chain
B: CV2-75 Fab Light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8394
ポリマ－77,6173
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
2
H: CV2-75 Fab Heavy chain
L: CV2-75 Fab Light chain
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8394
ポリマ－77,6173
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.371, 127.519, 155.672
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 131 or resid 148 through 221))
21chain H
12chain B
22chain L
13chain C
23(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PCAPCAPROPRO(chain A and (resid 1 through 131 or resid 148 through 221))AA1 - 1311 - 131
121CYSCYSPROPRO(chain A and (resid 1 through 131 or resid 148 through 221))AA148 - 221148 - 221
211PCAPCAPROPROchain HHD1 - 2211 - 221
112SERSERTHRTHRchain BBB1 - 2111 - 211
212SERSERTHRTHRchain LLE1 - 2111 - 211
113GLNGLNNAGNAGchain CCC - G321 - 6003
213GLNGLNASNASN(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF321 - 5323 - 214
223LEULEULEULEU(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF533215
233GLNGLNNAGNAG(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF - H321 - 6003
243GLNGLNNAGNAG(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF - H321 - 6003
253GLNGLNNAGNAG(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF - H321 - 6003
263GLNGLNNAGNAG(chain R and (resid 321 through 532 or (resid 533...RF - H321 - 6003

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 CV2-75 Fab Heavy chain


分子量: 24183.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CV2-75 Fab Light chain


分子量: 22839.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain


分子量: 30594.381 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGlycoDelete / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris, pH 7.5, 0.1M Calcium acetate, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.32 Å / Num. obs: 42799 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 79.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 4141 / CC1/2: 0.566

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQQ, 6XE1

4fqq

6xe1


解像度: 2.8→49.32 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 2092 4.89 %
Rwork0.2454 40707 -
obs0.2471 42799 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 241.18 Å2 / Biso mean: 101.1238 Å2 / Biso min: 33.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9830 0 28 16 9874
Biso mean--101.34 59.9 -
残基数----1282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64413830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6123598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051776
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1783X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
12H1783X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
21B1838X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
22L1838X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
31C2022X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
32R2022X-RAY DIFFRACTION15.748TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.40771330.36672581271497
2.87-2.940.39321430.344326782821100
2.94-3.020.38471330.321327012834100
3.02-3.110.31511500.301126762826100
3.11-3.210.35291440.296826872831100
3.21-3.320.33271400.267926962836100
3.32-3.450.32551390.259926782817100
3.45-3.610.2631430.248326892832100
3.61-3.80.31261100.254927192829100
3.8-4.040.2631380.236827402878100
4.04-4.350.25391330.210327212854100
4.35-4.790.22161470.19427262873100
4.79-5.480.25141630.211527282891100
5.48-6.90.29211320.25152779291199
6.9-49.320.26941440.25412908305299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.20462.26542.59984.53982.62784.5179-0.0210.09840.22570.0936-0.0029-0.07960.2247-0.09560.06730.4591-0.0518-0.04710.4390.20710.66651.3717.308-4.458
21.2227-0.13880.0745.70820.67953.60260.59690.2094-1.27970.147-0.1782-0.36320.62980.3279-0.30270.57540.0231-0.24440.39750.03681.164216.113-8.8-4.239
32.7236-2.253-0.52815.20651.1231.1731-0.2602-0.6363-0.43960.56640.2870.03590.10290.0184-0.02370.397-0.0281-0.00830.6010.16270.478627.03918.699.918
47.49063.8875-1.64995.2305-0.74082.97150.2182-0.4768-0.5096-0.2453-0.009-0.7307-0.33010.2871-0.18720.6337-0.09030.06830.7473-0.17260.480973.94940.38225.079
52.1528-1.6538-0.02264.0241.5435.35320.7627-1.13680.73060.6822-0.31970.2537-0.36430.1771-0.37160.9193-0.23640.21911.2916-0.26770.617357.64848.04937.44
63.724-0.3085-1.14292.47850.71572.84-0.1155-0.4872-0.37230.23350.15650.00750.089-0.1891-0.0410.5297-0.0271-0.0970.70590.05560.432247.95624.79116.663
78.08931.641-0.86767.2469-1.79235.53840.1347-0.04050.20241.0505-0.59140.51570.7162-0.51580.32530.9031-0.24640.14340.774-0.16240.5807-19.77-15.65-11.546
89.1305-2.05882.98477.7257-1.14342.257-0.0993-0.07940.60120.2689-0.1874-0.42760.2688-0.36730.28150.7057-0.24740.10050.9989-0.1280.4365-13.493-24.51-23.669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:122 )A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:108 )B1 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 321:537 )C321 - 537
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 1:122 )H1 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN R AND RESID 321:537 )R321 - 537
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 123:221 )A123 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 109:211 )B109 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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