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万見
- PDB-7m32: Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671A Mutant Soaked with Ur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m32
タイトルDihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671A Mutant Soaked with Uracil and NADPH Anaerobically
要素Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
キーワードFLAVOPROTEIN / Oxidoreductase / Dihydropyrimidine Dehydrogenase / DPD / mutant / uracil / flavin / soaking / ligand / FMN / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / uracil binding / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding ...dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / uracil binding / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-FNR / LEUCINE / PROLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / URACIL / Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Butrin, A. / Beaupre, B. / Forouzesh, D. / Liu, D. / Moran, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Perturbing the Movement of Hydrogens to Delineate and Assign Events in the Reductive Activation and Turnover of Porcine Dihydropyrimidine Dehydrogenase.
著者: Beaupre, B.A. / Forouzesh, D.C. / Butrin, A. / Liu, D. / Moran, G.R.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,89137
ポリマ－446,2854
非ポリマー11,60633
水47,3792630
1
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,88818
ポリマ－223,1432
非ポリマー5,74516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31350 Å2
ΔGint-294 kcal/mol
Surface area68260 Å2
手法PISA
2
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,00319
ポリマ－223,1432
非ポリマー5,86117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31480 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area68760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.870, 158.730, 162.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] / DHPDHase / DPD / Dihydrothymine dehydrogenase / Dihydrouracil dehydrogenase


分子量: 111571.281 Da / 分子数: 4 / 変異: C671A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPYD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 8種, 2663分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ~4.5 mg/mL (~40 uM) of C671A DPD in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was prepared and diluted 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 15% PEG 6000 at ...詳細: ~4.5 mg/mL (~40 uM) of C671A DPD in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was prepared and diluted 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 15% PEG 6000 at pH 4.5 to 4.9. Diffraction quality crystals with elongated morphology were obtained by the hanging-drop vapor diffusion method. Incubation was carried out in the dark to eliminate photo-degradation the quasi-labile FMN cofactor. Crystals appeared after 16 hours as both single elongated rectangular hexahedron forms (200 x 50 x 50) or urchin-like clusters. Only the single crystal form were harvested and these were placed in a Plas-Labs 830 series glove box into which a Motic binocular microscope coupled to an Accuscope 1080 P HD camera was placed. Before being placed in the glove box, the well solutions of the selected crystals were made anaerobic with the addition of 10 mM dithionite and resealed with the cover slide. The glove box was then made anaerobic by flushing with pure nitrogen for approximately 10 minutes at which time the fractional dioxygen was 0.1 %, as indicated by a Forensics Detectors oxygen meter. Atmospheric dioxygen was measured throughout the soaking procedure and was held below 1%. C671A DPD crystals were soaked for a minimum of 20 minutes in 25 mM HEPES, 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 100 uM NADPH, 100 uM uracil, 20% PEG 6000, 20% PEG 400, pH 7.5 prior to submersion in liquid nitrogen. Frozen crystals were then removed from the anaerobic environment and stored under liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→51.69 Å / Num. obs: 354924 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 25.22 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 1705022 / Scaling rejects: 41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.874.91.946127495261460.3410.9692.1790.996.2
8.14-51.694.60.0411915841650.9980.020.04627.598.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H7W

1h7w


解像度: 1.82→47.26 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 17911 5.05 %
Rwork0.1689 336851 -
obs0.1706 354762 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.41 Å2 / Biso mean: 34.5565 Å2 / Biso min: 13.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30658 0 529 2630 33817
Biso mean--27.17 39.66 -
残基数----4028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.840.36735930.3481111871178096
1.84-1.860.36486190.3382111011172096
1.86-1.890.35465980.3187111791177796
1.89-1.910.31896030.2939111541175796
1.91-1.930.30815870.2795112321181996
1.93-1.960.3075960.2658112071180396
1.96-1.990.29546090.2456111831179296
1.99-2.020.26765830.2352111471173096
2.02-2.050.24936490.2208111461179596
2.05-2.080.2616230.2189110631168696
2.08-2.120.22696590.2032108091146894
2.12-2.160.24515660.192898161038284
2.16-2.20.2135750.1858111101168595
2.2-2.240.22196740.1803112821195698
2.24-2.290.2046100.1705114091201998
2.29-2.350.19426300.1663113451197598
2.35-2.410.21595930.1645114411203498
2.41-2.470.2075780.1588113971197598
2.47-2.540.19246280.1493114181204698
2.54-2.620.19485450.1563115171206298
2.62-2.720.19065370.1517114871202498
2.72-2.830.20525860.158114681205498
2.83-2.960.20365860.1604114821206898
2.96-3.110.19685850.161114421202798
3.11-3.310.19635940.1596114311202598
3.31-3.560.18625430.158114221196597
3.56-3.920.18665020.1419105211102390
3.92-4.490.15025590.127110531161294
4.49-5.650.15046650.13731164912314100
5.65-47.260.16576360.1459117531238999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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