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- PDB-7ljs: Porcine Dihydropyrimidine dehydrogenase (DPD) complexed with 5-Et... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ljs | ||||||
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Title | Porcine Dihydropyrimidine dehydrogenase (DPD) complexed with 5-Ethynyluracil (5EU) - Open Form | ||||||
![]() | Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / Dihydropyrimidine dehydrogenase / DPD / dehydrogenase / 5-Ethynyluracil / 5EU / inhibitor / inactivator | ||||||
Function / homology | ![]() dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Butrin, A. / Forouzesh, D. / Beaupre, B. / Wawrzak, Z. / Liu, D. / Moran, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Interaction of Porcine Dihydropyrimidine Dehydrogenase with the Chemotherapy Sensitizer: 5-Ethynyluracil. Authors: Forouzesh, D.C. / Beaupre, B.A. / Butrin, A. / Wawrzak, Z. / Liu, D. / Moran, G.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ljtC ![]() 7ljuC ![]() 1h7xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 111603.344 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) |
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-Non-polymers , 5 types, 2199 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/Y3G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/Y3G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | ChemComp-FMN / #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-Y3G / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Drops were formed by mixing 3 uL of 39 uM of DPD, 1 mM 5EU, 1 mM NADPH in 25 mM HEPES, 10 mM DTT, 10% glycerol pH 7.5 with 3 uL of well solution (1 mL) containing 50-200 mM NaCl, 19% PEG 6000, 1 mM DTT pH 4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.127 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 255614 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.02 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9241 / CC1/2: 0.377 / Rpim(I) all: 0.665 / % possible all: 66 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1H7X Resolution: 2→45.62 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.14 Å2 / Biso mean: 30.5255 Å2 / Biso min: 13.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→45.62 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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