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- PDB-7m2v: Crystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m2v
タイトルCrystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of STMV Grown from Chloride
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS/RNA / VIRUS-RNA complex
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
E: Coat protein
J: Coat protein
M: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
FX: Coat protein
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Coat protein
KK: Coat protein
G: Coat protein
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ww: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
H: Coat protein
T: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
I: Coat protein
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: Coat protein
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
xx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
NN: Coat protein
yy: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
zz: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,06065
ポリマ－426,02440
非ポリマー1,03525
水100,2355564
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
E: Coat protein
J: Coat protein
M: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
FX: Coat protein
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Coat protein
KK: Coat protein
G: Coat protein
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ww: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
H: Coat protein
T: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
I: Coat protein
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: Coat protein
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
xx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
NN: Coat protein
yy: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
zz: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
E: Coat protein
J: Coat protein
M: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
FX: Coat protein
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Coat protein
KK: Coat protein
G: Coat protein
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ww: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
H: Coat protein
T: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
I: Coat protein
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: Coat protein
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
xx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
NN: Coat protein
yy: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
zz: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
E: Coat protein
J: Coat protein
M: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
QQ: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
FX: Coat protein
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Coat protein
KK: Coat protein
G: Coat protein
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ww: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
H: Coat protein
T: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
I: Coat protein
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: Coat protein
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ff: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
xx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
NN: Coat protein
yy: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
zz: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,281,179195
ポリマ－1,278,073120
非ポリマー3,10675
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.634, 165.634, 433.315
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11M-402-

HOH

21M-441-

HOH

31GG-442-

HOH

41U-241-

HOH

51NN-467-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 20分子 ABCEJMHHIIJJFXDKKGHGGILOKNN

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574

-
RNA鎖 , 2種, 20分子 QQhwwTmienxxyySVkUXTTPYffzz

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dodecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3905.512 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide dodecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 5589分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
解説: apex truncated triangular plates very similar in appearance to the monoclinic crystal form of the virus. Face perpendicular is the c axis.
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with 0.6 ml reservoirs and 6 to 8 ul drops. Drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered at pH 6.5 ...詳細: Crystals grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with 0.6 ml reservoirs and 6 to 8 ul drops. Drops were equal amounts of a 5 mg/ml virus stock solution buffered at pH 6.5 with 0.1 M phosphate, and the reservoir solution. The reservoir solution was 4% w/v NaCl in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was at 4 degrees C.
PH範囲: 4.5 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.3 Å / Num. obs: 345430 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 9879 / CC1/2: 0.54 / Rsym value: 0.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
d*TREKデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQ8

4oq8


解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 17134 -
Rwork0.2054 --
obs-345430 84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22409 4220 41 5564 32234
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.83 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2834 389
Rwork0.2241 6947
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0131022284 Å / Origin y: 33.963285073 Å / Origin z: 8.03239322923 Å
111213212223313233
T0.0734728201493 Å2-0.00484709471954 Å20.00312029450189 Å2-0.0723938243094 Å2-0.000197223347471 Å2--0.0725825224968 Å2
L0.00689511141979 °2-0.00199433725791 °20.00156232737229 °2-0.00573549399022 °2-0.00309861864536 °2--0.0202463447181 °2
S0.00204937089521 Å °0.000717719513847 Å °0.00211022327979 Å °-0.00361178382861 Å °0.00117825301598 Å °-0.000780356077127 Å °-0.00416850495587 Å °0.006780025415 Å °-0.00465105736678 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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