PDB-7m1m: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa ClpP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1m

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa ClpP1

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / Petidase

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mawla, G.D. / Grant, R.A. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: ClpP1P2 peptidase activity promotes biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Mawla, G.D. / Hall, B.M. / Carcamo-Oyarce, G. / Grant, R.A. / Zhang, J.J. / Kardon, J.R. / Ribbeck, K. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.

履歴

登録	2021年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1m.cif.gz	921.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1m.ent.gz	779.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m1m_validation.pdf.gz	567.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m1m_full_validation.pdf.gz	592.5 KB	表示
XML形式データ	7m1m_validation.xml.gz	85.1 KB	表示
CIF形式データ	7m1m_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m1lC 3qwdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kth-d 1tg6-d 6w9t-d 3tt7-d 6hwn-d 5g1r-d 3ktg-d 6ttz-d 3kti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

325 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.975, 97.118, 108.347
Angle α, β, γ (deg.)	66.990, 85.930, 77.170
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))
4	1	(chain D and resid 4 through 194)
5	1	(chain E and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	(chain J and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))
11	1	(chain K and resid 4 through 194)
12	1	chain L
13	1	chain M
14	1	chain N

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain A	A	A	4 - 194	4 - 194
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain B	B	B	4 - 194	4 - 194
3	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain C and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	C	C	4 - 8	4 - 8
3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain C and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	C	C	18 - 194	18 - 194
4	1	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain D and resid 4 through 194)	D	D	4 - 194	4 - 194
5	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain E and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	E	E	4 - 8	4 - 8
5	2	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain E and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	E	E	18 - 194	18 - 194
6	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain F	F	F	4 - 194	4 - 194
7	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain G	G	G	4 - 194	4 - 194
8	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain H	H	H	4 - 194	4 - 194
9	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain I	I	I	4 - 194	4 - 194
10	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain J and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	J	J	4 - 8	4 - 8
10	2	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain J and (resid 4 through 8 or resid 18 through 194))	J	J	18 - 194	18 - 194
11	1	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain K and resid 4 through 194)	K	K	4 - 194	4 - 194
12	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain L	L	L	4 - 194	4 - 194
13	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain M	M	M	4 - 194	4 - 194
14	1	LEU	LEU	ARG	ARG	chain N	N	N	4 - 194	4 - 194

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 23094.473 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: clpP1, clpP, clpP_1, clpP_2, clpP_3, ALP65_02974, C0044_13485, CAZ10_25705, CGU42_31830, DZ962_05185, E4V10_13100, ECC04_019615, EQH76_24460, FOZ66_18665, HWN46_10325, HWN47_21130, IPC116_ ...遺伝子: clpP1, clpP, clpP_1, clpP_2, clpP_3, ALP65_02974, C0044_13485, CAZ10_25705, CGU42_31830, DZ962_05185, E4V10_13100, ECC04_019615, EQH76_24460, FOZ66_18665, HWN46_10325, HWN47_21130, IPC116_19025, IPC1323_26610, IPC1481_00800, IPC1505_27710, IPC1509_11515, IPC36_03810, IPC582_00530, IPC620_12795, IPC669_04255, NCTC10662_04309, NCTC12951_04915, NCTC13437_00640, PAMH19_5202, RW109_RW109_04256 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZHR6, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, 53.5% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→48.54 Å / Num. obs: 103306 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.712 % / B_iso Wilson estimate: 44.334 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 6.44

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.66	2.642	0.557	1.85	18571	8044	7029	0.795	0.692	87.4
2.66-2.74	2.788	0.501	2.11	21180	7940	7597	0.866	0.619	95.7
2.74-2.82	2.788	0.418	2.52	20450	7705	7335	0.896	0.515	95.2
2.82-2.9	2.767	0.352	3.03	19695	7436	7118	0.931	0.432	95.7
2.9-3	2.75	0.304	3.54	19093	7266	6942	0.942	0.373	95.5
3-3.1	2.745	0.269	4.1	18380	7018	6697	0.948	0.331	95.4
3.1-3.22	2.738	0.231	4.71	17494	6738	6389	0.965	0.283	94.8
3.22-3.35	2.714	0.182	5.69	16722	6522	6161	0.975	0.224	94.5
3.35-3.5	2.677	0.162	6.46	15574	6221	5818	0.978	0.199	93.5
3.5-3.67	2.612	0.134	7.43	14123	5939	5406	0.981	0.166	91
3.67-3.87	2.558	0.11	8.57	12807	5703	5007	0.984	0.137	87.8
3.87-4.11	2.733	0.105	9.61	14152	5306	5179	0.986	0.129	97.6
4.11-4.39	2.715	0.086	10.75	13468	5080	4960	0.99	0.106	97.6
4.39-4.74	2.698	0.078	11.67	12150	4649	4504	0.991	0.096	96.9
4.74-5.19	2.709	0.088	11.06	11444	4363	4224	0.987	0.108	96.8
5.19-5.81	2.723	0.105	9.69	10049	3860	3690	0.986	0.129	95.6
5.81-6.71	2.659	0.093	10.33	8635	3442	3247	0.986	0.114	94.3
6.71-8.21	2.568	0.065	12.86	6732	2924	2622	0.991	0.08	89.7
8.21-11.61	2.802	0.05	15.41	6139	2235	2191	0.995	0.062	98
11.61-48.54	2.775	0.044	16.26	3302	1233	1190	0.996	0.054	96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QWD

3qwd

解像度: 2.6→48.54 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	1998	1.94 %
R_work	0.207	101250	-
obs	0.2078	103248	94.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.86 Å² / B_iso mean: 46.2206 Å² / B_iso min: 16.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19842	0	396	157	20395
B_iso mean	-	-	56.88	34.06	-
残基数	-	-	-	-	2554

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	2	B	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	3	C	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	4	D	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	5	E	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	6	F	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	7	G	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	8	H	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	9	I	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	10	J	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	11	K	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	12	L	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	13	M	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL
1	14	N	12482	X-RAY DIFFRACTION	8.56	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.3539	131	0.326	6629	6760	87
2.66-2.73	0.3374	145	0.2819	7353	7498	96
2.73-2.81	0.3186	145	0.2524	7349	7494	95
2.81-2.91	0.2892	144	0.236	7276	7420	96
2.91-3.01	0.2997	145	0.235	7371	7516	96
3.01-3.13	0.2988	145	0.2352	7327	7472	95
3.13-3.27	0.2537	144	0.2194	7263	7407	95
3.27-3.44	0.2346	143	0.208	7232	7375	94
3.44-3.66	0.2615	138	0.2088	7021	7159	92
3.66-3.94	0.2292	137	0.1923	6901	7038	90
3.94-4.34	0.2008	148	0.1755	7500	7648	98
4.34-4.97	0.2123	147	0.1666	7429	7576	97
4.97-6.26	0.2531	145	0.2161	7393	7538	96
6.26-48.54	0.2281	141	0.1853	7206	7347	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)