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- PDB-1tg6: Crystallography and mutagenesis point to an essential role for th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tg6
タイトルCrystallography and mutagenesis point to an essential role for the N-terminus of human mitochondrial ClpP
要素Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / mitochondrial ClpP / Clp/Hsp 100 / ATP-dependent protease
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding ...membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding / endopeptidase activity / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / N-FORMYLMETHIONINE / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kang, S.G. / Maurizi, M.R. / Thompson, M. / Mueser, T. / Ahvazi, B.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallography and mutagenesis point to an essential role for the N-terminus of human mitochondrial ClpP
著者: Kang, S.G. / Maurizi, M.R. / Thompson, M. / Mueser, T. / Ahvazi, B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Sequence and structure of ClpP, the proteolytic component of the ATP-dependent Clp protease of Escherichia Coli
著者: Maurizi, M.R. / Clark, W.P. / Katayama, Y. / Rudikoff, S. / Pumphrey, J. / Bowers, B. / Gottesman, S.
履歴
登録2004年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32016年11月30日Group: Other
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,30934
ポリマ－211,4917
非ポリマー2,81827
水13,926773
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29630 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area51280 Å2
手法PISA
2
A: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子

A: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,61968
ポリマ－422,98214
非ポリマー5,63754
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area71360 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area90450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.570, 119.002, 118.650
Angle α, β, γ (deg.)90, 130.159, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 30213.020 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPP / プラスミド: pVEX11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16740, endopeptidase Clp

-
非ポリマー , 5種, 800分子

#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 10 % (V/V) dioxane, 10% glycerol, 1.5-1.8 M (NH4)2SO4 with 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X9B20.92
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2000年11月4日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2000年11月4日mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.921
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 338348 / Num. obs: 100429 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TYF

1tyf


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: NCS 7 fold averaging was employed during refinement
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 9091 RANDOM
Rwork0.224 --
all0.28 338348 -
obs0.308 100076 -
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.86 Å20 Å2-0.48 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----6.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10117 0 174 773 11064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 9091 -
Rwork0.2243 --
obs-10076 9.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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