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万見
- PDB-7m0m: HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m0m
タイトルHPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YK1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Lesburg, C.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Diaminopyrimidine Carboxamide HPK1 Inhibitors as Preclinical Immunotherapy Tool Compounds.
著者: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / ...著者: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / Miller, J.R. / Bittinger, M. / Ranganath, S.H. / Bennett, D.J. / DiMauro, E.F. / Pasternak, A.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7834
ポリマ－65,8022
非ポリマー9812
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.168, 56.994, 63.459
Angle α, β, γ (deg.)86.730, 86.630, 67.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 292 / Label seq-ID: 2 - 291

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 32901.207 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YK1 / 4-[2-fluoro-6-(trifluoromethyl)anilino]-2-[(6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl)amino]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 490.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22F4N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 mM Tris pH 8.0 , 150 mM NaCl , 5% Glycerol , 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→63.31 Å / Num. obs: 48216 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 41.083 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.039 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.66
反射 シェル解像度: 1.93→2.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 157 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.576 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY SOLVED STRUCTURE

解像度: 1.93→63.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 10.178 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 2211 4.6 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.1877 46005 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120 Å2 / Biso mean: 46.723 Å2 / Biso min: 22.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20.48 Å2-1.53 Å2
2---0.86 Å20.49 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→63.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4611 0 70 350 5031
Biso mean--31.43 47.68 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.9896467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.266310489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61523.812202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.71415.037805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.621523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021059
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6962 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 161 -
Rwork0.34 3322 -
all-3483 -
obs--94.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3076-0.1064-0.06684.11421.72774.78090.05260.2063-0.166-0.15580.06650.22820.2754-0.1996-0.11920.12180.0373-0.11770.1093-0.11330.237115.409-39.81624.079
20.1927-0.24290.51512.3746-4.46938.4688-0.030.14580.158-0.04070.06830.06-0.0115-0.12-0.03830.2265-0.00470.00460.26030.05060.26510.777-18.89412.715
31.20730.68141.89680.8839-1.030211.9449-0.0026-0.04-0.06-0.0371-0.1022-0.10730.19560.1720.10490.0890.0238-0.02570.17130.04510.24712.62-3.9975.75
40.0715-0.24480.57970.9662-2.1885.06530.03040.04460.00170.0276-0.04260.0274-0.02140.26440.01230.230.0227-0.03580.2880.06190.231114.971-9.40318.801
52.703-0.10290.08222.58550.27923.1165-0.0160.04420.2477-0.01640.00330.0753-0.2944-0.25840.01280.08010.0662-0.09740.0563-0.07220.20116.075-18.75641.163
63.00730.650.96794.52060.46042.53410.1174-0.1658-0.33470.05840.00750.11330.4398-0.1194-0.12480.0960.0124-0.07020.0669-0.05940.2159-12.52-12.508-2.557
71.4068-1.58613.76331.7945-4.267910.2489-0.08110.0040.00480.1104-0.0306-0.0293-0.17250.20590.11160.26430.0132-0.01310.27050.02530.1906-0.515-14.91318.868
82.214.5395-3.21499.4413-7.139912.2846-0.21010.29620.1555-0.37850.59230.2571-0.1727-1.0564-0.38220.16610.131-0.11370.28830.00520.25786.77-14.50934.08
90.1232-0.45570.9521.7292-3.57467.4588-0.0015-0.1007-0.03-0.03010.26260.13090.1335-0.6676-0.26110.30440.0238-0.03830.37840.01920.28364.57-5.57122.268
102.17890.08060.17913.235-1.46423.592-0.09180.02120.18420.1091-0.4025-0.8323-0.01820.61980.49440.04410.016-0.12210.13280.06080.44597.5125.191-0.21
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A161 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3A175 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4A183 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5A94 - 160
6X-RAY DIFFRACTION5A195 - 294
7X-RAY DIFFRACTION6B3 - 93
8X-RAY DIFFRACTION7B161 - 174
9X-RAY DIFFRACTION8B175 - 182
10X-RAY DIFFRACTION9B183 - 194
11X-RAY DIFFRACTION10B94 - 160
12X-RAY DIFFRACTION10B195 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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