+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7m0k | ||||||
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Title | HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 | ||||||
Components | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Lesburg, C.A. | ||||||
Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2021 Title: Discovery of Diaminopyrimidine Carboxamide HPK1 Inhibitors as Preclinical Immunotherapy Tool Compounds. Authors: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / ...Authors: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / Miller, J.R. / Bittinger, M. / Ranganath, S.H. / Bennett, D.J. / DiMauro, E.F. / Pasternak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7m0k.cif.gz | 478.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7m0k.ent.gz | 395.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7m0k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 32472.775 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: KINASE DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAP4K1, HPK1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | ChemComp-YK7 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 7% PEG 5K MNE, 0.05 M HEPES pH 6.5, Na3Cit pH 7, 20 mM Tris pH 8.0 , 150 mM NaCl , 5% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.01→88.53 Å / Num. obs: 74742 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 50.827 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.034 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 12.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.01→2.26 Å / Redundancy: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 21707 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.59 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 92.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: previously solved structure Resolution: 2.01→88.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 29.239 / SU ML: 0.334 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 175.75 Å2 / Biso mean: 80.406 Å2 / Biso min: 36.78 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→88.53 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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