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- PDB-7m0k: HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m0k
タイトルHPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YK7 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lesburg, C.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Diaminopyrimidine Carboxamide HPK1 Inhibitors as Preclinical Immunotherapy Tool Compounds.
著者: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / ...著者: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / Miller, J.R. / Bittinger, M. / Ranganath, S.H. / Bennett, D.J. / DiMauro, E.F. / Pasternak, A.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5098
ポリマ－129,8914
非ポリマー1,6184
水3,873215
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7544
ポリマ－64,9462
非ポリマー8092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
2
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7544
ポリマ－64,9462
非ポリマー8092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.074, 76.627, 89.200
Angle α, β, γ (deg.)90.020, 97.020, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEASNASNAA8 - 2933 - 288
21ILEILEASNASNBB8 - 2933 - 288
12ILEILEASNASNAA8 - 2933 - 288
22ILEILEASNASNCC8 - 2933 - 288
13PROPROPROPROAA6 - 2941 - 289
23PROPROPROPRODD6 - 2941 - 289
14ILEILEPROPROBB8 - 2943 - 289
24ILEILEPROPROCC8 - 2943 - 289
15ILEILEASNASNBB8 - 2933 - 288
25ILEILEASNASNDD8 - 2933 - 288
16ILEILEASNASNCC8 - 2933 - 288
26ILEILEASNASNDD8 - 2933 - 288

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 32472.775 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-YK7 / 4-anilino-2-[(6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl)amino]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 404.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 7% PEG 5K MNE, 0.05 M HEPES pH 6.5, Na3Cit pH 7, 20 mM Tris pH 8.0 , 150 mM NaCl , 5% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→88.53 Å / Num. obs: 74742 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 50.827 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.034 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 12.37
反射 シェル解像度: 2.01→2.26 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 21707 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.59 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previously solved structure

解像度: 2.01→88.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 29.239 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1704 2.3 %RANDOM
Rwork0.2477 ---
obs0.2483 72002 93.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.75 Å2 / Biso mean: 80.406 Å2 / Biso min: 36.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.09 Å2-0.64 Å25.88 Å2
2---2.9 Å20.5 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→88.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9102 0 120 215 9437
Biso mean--69.47 66.33 -
残基数----1152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.98512561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19320505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03551156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06723.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12115.0261542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8051550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022105
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A64980.02
12B64980.02
21A65620.01
22C65620.01
31A68200.02
32D68200.02
41B67060.01
42C67060.01
51B65540.02
52D65540.02
61C66040.01
62D66040.01
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 138 -
Rwork0.463 5542 -
all-5680 -
obs--95.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0839-0.1857-4.33643.33031.60083.84980.2032-0.84320.4180.5887-0.04740.0973-0.1352-0.2764-0.15580.32480.20450.02280.6663-0.06470.69778.4336.651-29.116
27.9832-3.9593-0.96332.1188-0.0872.33230.20690.26950.021-0.0984-0.01170.06640.0141-0.2659-0.19510.6295-0.01330.02980.44800.644315.277-14.93-17.894
39.26285.3005-5.44677.72820.61426.17090.09390.07770.1143-0.0764-0.03830.0733-0.1622-0.0845-0.05570.43520.06030.03290.25080.00360.38019.863-21.205-9.572
42.7620.4787-0.19024.5602-0.57223.4468-0.0062-0.0977-0.1110.2039-0.055-0.03910.1902-0.09950.06130.06960.00960.00450.0213-0.05250.459829.434-8.676-37.155
50.43150.6196-0.74342.2432-1.759810.0966-0.22410.5234-0.1463-0.74480.1547-0.17680.65110.12150.06950.8465-0.02930.00630.9769-0.14270.83233.24-45.029-25.096
612.9847-0.039310.15340.0735-0.01677.9487-0.3046-1.26780.24650.17670.12140.0806-0.1717-1.00380.18330.60230.12450.09320.60940.03290.572417.2-22.352-24.34
71.0208-1.0951-2.11.61230.92458.4031-0.0282-0.0163-0.0664-0.06120.12580.14580.341-0.4099-0.09770.3343-0.05150.00780.29090.01760.350623.078-17.975-30.888
83.13781.0873-1.00355.3394-0.53693.83130.2235-0.05240.09120.0348-0.1581-0.2609-0.23920.2476-0.06550.26230.08740.0440.0659-0.02330.4686.897-30.477-1.314
90.4709-0.9164-0.79112.63841.73129.7675-0.2072-0.42-0.15790.61990.21140.22180.5803-0.2447-0.00420.81510.05090.01490.90030.14010.8473-3.399-6.8925.345
103.30841.06530.87393.49320.75750.3104-0.02490.0522-0.0507-0.07260.1496-0.4462-0.00440.0648-0.12470.406-0.01480.04030.4816-0.0120.5069-16.57114.64724.882
114.48282.1167-5.80341.1377-2.44178.1745-0.1225-0.1223-0.0774-0.09540.071-0.07810.14950.48160.05160.39840.23430.04540.3608-0.11950.485-22.97920.31731.127
123.2963-0.7306-0.84315.27090.30923.67270.1896-0.02670.08860.0266-0.11230.3159-0.2245-0.2841-0.07730.26330.02750.04880.0357-0.05520.4662-6.9977.7981.982
138.18590.802-4.49693.7756-1.42163.44940.13780.84660.436-0.57240.0232-0.1173-0.13720.1967-0.1610.3523-0.10920.01590.69140.03950.682-8.29944.95229.404
141.46651.0293-1.80282.4299-0.03553.11280.3201-0.4467-0.22320.2633-0.3748-0.4404-0.33710.45450.05480.62160.05360.02980.64830.02670.5917-14.82722.89518.595
1512.6312-5.0745-7.41767.64-1.37457.75140.2525-0.1017-0.06670.2231-0.22110.0924-0.4270.224-0.03130.43370.00340.08190.1982-0.01150.3973-9.7117.0989.858
162.84640.0131-0.02934.40810.47023.4756-0.01240.0733-0.101-0.1424-0.00840.05470.15920.05840.02080.07860.03530.01930.0201-0.01490.4695-29.57629.51837.634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A161 - 173
3X-RAY DIFFRACTION2A184 - 193
4X-RAY DIFFRACTION3A174 - 183
5X-RAY DIFFRACTION4A94 - 160
6X-RAY DIFFRACTION4A195 - 294
7X-RAY DIFFRACTION5B8 - 93
8X-RAY DIFFRACTION6B161 - 173
9X-RAY DIFFRACTION6B184 - 193
10X-RAY DIFFRACTION7B174 - 183
11X-RAY DIFFRACTION8B94 - 160
12X-RAY DIFFRACTION8B195 - 294
13X-RAY DIFFRACTION9C8 - 93
14X-RAY DIFFRACTION10C161 - 173
15X-RAY DIFFRACTION10C184 - 193
16X-RAY DIFFRACTION11C174 - 183
17X-RAY DIFFRACTION12C94 - 160
18X-RAY DIFFRACTION12C195 - 294
19X-RAY DIFFRACTION13D6 - 93
20X-RAY DIFFRACTION14D161 - 173
21X-RAY DIFFRACTION14D184 - 193
22X-RAY DIFFRACTION15D174 - 183
23X-RAY DIFFRACTION16D94 - 160
24X-RAY DIFFRACTION16D195 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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