PDB-7m0d: Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m0d

タイトル

Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP

要素

DNA (5'-D(*AP*CP*TP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA polymerase lambda

キーワード

TRANSFERASE / Nonhomologous end-joining / Base Excision Repair

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kaminski, A.M. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	1ZIA ES102645	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01 ES065070	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Analysis of diverse double-strand break synapsis with Pol lambda reveals basis for unique substrate specificity in nonhomologous end-joining.
著者: Kaminski, A.M. / Chiruvella, K.K. / Ramsden, D.A. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C.

履歴

登録	2021年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m0d.cif.gz	399.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m0d.ent.gz	281.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7m07C 7m09C 7m0aC 7m0bC 7m0eC 2pfoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k4g-2 3mgh-1 1xsl-3 4k4g-3 4k4i-2 2gws-3 1bgv-d 1rzt-1 5iio-4 3c5f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (16) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase lambda

G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

B: DNA polymerase lambda

K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

J: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

92.6 kDa, 10 ポリマー
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1

A: DNA polymerase lambda

G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

E: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.3 kDa, 5 ポリマー
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2

B: DNA polymerase lambda

K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

J: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.442, 151.989, 86.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa 分子量: 38550.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

#1: タンパク質

DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa

分子量: 38550.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pGEXM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 4種, 8分子 GKFJHLIE

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPAPGPC)-3') 分子量: 2123.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPGPTPGPC)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPTPG)-3') 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 10種, 1108分子

#6: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#12: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#13: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 115616 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.04 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_sym value: 0.102 / Χ²: 0.578 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 5755 / CC_1/2: 0.859 / CC star: 0.961 / R_sym value: 0.927 / Χ²: 0.364 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PFO

2pfo

解像度: 1.8→41.78 Å / SU ML: 0.1809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5093
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1887	4939	4.28 %	random
R_work	0.1643	110517	-	-
obs	0.1654	115456	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5280	846	166	1076	7368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	6558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0333	9039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568	983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9243	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3013	152	0.2391	3393	X-RAY DIFFRACTION	92.97
1.82-1.84	0.2299	166	0.2187	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.84-1.86	0.2426	164	0.2127	3674	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.86-1.89	0.2546	164	0.2076	3671	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.89-1.91	0.2498	161	0.2292	3556	X-RAY DIFFRACTION	96.62
1.91-1.94	0.3204	155	0.2544	3547	X-RAY DIFFRACTION	95.91
1.94-1.97	0.2357	165	0.1926	3694	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.97-2	0.1959	163	0.1697	3661	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2-2.03	0.1996	165	0.1712	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.03-2.06	0.2126	164	0.1728	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.06-2.1	0.2022	163	0.1741	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.1-2.13	0.2035	165	0.1749	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.13-2.18	0.1887	167	0.1749	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.18-2.22	0.2192	166	0.1648	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.22-2.27	0.2439	156	0.2027	3433	X-RAY DIFFRACTION	92.88
2.27-2.32	0.1903	165	0.1653	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.32-2.38	0.191	166	0.1589	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.38-2.44	0.202	166	0.1566	3721	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.44-2.52	0.189	166	0.1607	3724	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.52-2.6	0.1641	167	0.1575	3707	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.6-2.69	0.1901	163	0.1636	3704	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.69-2.8	0.1912	166	0.1686	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.8-2.92	0.2007	165	0.1665	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.92-3.08	0.1799	169	0.1585	3758	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.08-3.27	0.1897	166	0.158	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.27-3.52	0.1722	167	0.1567	3736	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.52-3.88	0.1688	165	0.137	3667	X-RAY DIFFRACTION	96.82
3.88-4.44	0.1657	163	0.1249	3646	X-RAY DIFFRACTION	95.87
4.44-5.59	0.1423	171	0.1453	3831	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.59-41.78	0.1447	178	0.1654	3968	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.12598082933	0.560056431342	0.772723492826	0.848303580479	0.441671072174	0.641392021484	0.0563869197592	-0.0113681933679	-0.0789418627295	0.0679320791076	0.034175225539	0.039101143675	0.00767463757026	0.000343790674226	0.000110396812093	0.126327557861	0.00610228496573	0.00106771002217	0.0944567044528	-0.00542522957455	0.17804392602	13.5919414039	14.2277317333	26.8815797234
2	0.676207624197	0.483704251869	-0.0462207875204	0.68073338806	0.27349059273	0.915764405408	0.0183540082017	-0.038017334752	-0.0749332996002	0.0817513951632	0.0224829425658	-0.0244324460121	0.133613360279	0.00257235516454	0.00028699576649	0.128418182741	-0.00133871188496	0.00988901891856	0.0992565480261	-0.000150678158177	0.0964441480268	27.9207397148	28.6024070429	46.5226778428
3	0.567925600562	-0.0942263480256	0.0768252934693	1.2751115422	-0.0539586184861	1.92456715122	-0.045599578557	-0.00797754079839	0.11421991967	0.0441787611297	0.00453076877978	-0.112135500237	-0.271058243786	0.218017006259	-0.0224626945539	0.108159447892	-0.0482461589432	-0.00774835747391	0.1096917589	0.0119984326008	0.0864476795846	31.5882167247	45.3129626929	26.3329473829
4	1.04874466039	0.735651679766	-0.154748297602	1.20162392094	0.468424654911	1.6034068145	0.00242934521931	0.0877856873529	-0.146073646593	-0.0524805717426	0.0501446549417	-0.0989673400371	0.173188287925	0.171494078803	0.0162597400597	0.113120526685	0.000665400481864	-0.00621757253971	0.13337456295	0.000590185745169	0.0957195068304	33.46217973	26.525042911	12.6289058847
5	1.00363301926	1.30752049579	-0.493558073748	1.88434369261	-0.105269656463	2.29813881046	-0.131932047997	0.13220688366	-0.546321175541	-0.0251577316078	0.14579146181	-0.602963506925	0.160909545021	0.753314520904	-0.0412535523995	0.103529818745	0.0308373850284	0.000150872733077	0.251306043334	-0.046443244975	0.22143774425	40.2907497913	27.073865906	34.8270079811
6	0.826038939704	0.423323232819	0.52604723164	0.9819298049	-0.423383206647	1.2148201565	0.0136456443786	0.432107619319	-0.826470198412	-0.039238208133	0.0887291968408	-0.772286622054	0.276975747413	0.108489059588	-0.272706400577	0.184531155683	0.0169961267014	-0.00325234839517	0.138277803186	-0.0659703930454	0.309429434527	30.6141847153	11.5342234512	23.2348459056
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8	0.665089065526	-0.46099074135	-0.345366342056	0.637330670626	-0.0734688393854	0.875684797493	-0.00334001485092	0.0869863176302	-0.0366873727913	-0.101478645422	0.00460314191029	0.0183055488158	0.141476833289	-0.0289691222986	-2.80708353428E-5	0.141002055916	0.00430034145272	0.00294515534875	0.108526054974	0.00441941546611	0.0950052405229	69.0879774118	27.7011599633	-3.17589056065
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12	0.881906020249	-0.176011083055	0.216035791979	0.899613154941	0.193261039299	2.25209805091	0.149307939806	-0.385387534809	-0.735068485229	-0.261009793954	0.0210263672851	0.693894763838	0.406316312347	-0.109733819852	-0.233319003898	0.177483490069	-0.00945585245308	-0.0415168460119	0.0824371793162	0.0640890600874	0.280933309129	65.7430382678	10.8317231033	19.832609011

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A and resid 237:329	A	A	237 - 329	1 - 93
2	2	chain A and resid 330:386	A	A	330 - 386	94 - 150
3	3	chain A and resid 387:495	A	A	387 - 495	151 - 259
4	4	chain A and resid 496:575	A	A	496 - 575	260 - 339
5	5	chain E or chain F	F - E	C - J	1 - 4
6	6	chain G or chain H	G - H	B - D	1 - 4
7	7	chain B and resid 236:329	B	E	236 - 329	1 - 94
8	8	chain B and resid 330:386	B	E	330 - 386	95 - 151
9	9	chain B and resid 387:495	B	E	387 - 495	152 - 260
10	10	chain B and resid 496:575	B	E	496 - 575	261 - 340
11	11	chain I or chain J	J - I	G - I	1 - 4
12	12	chain K or chain L	K - L	F - H	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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