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Yorodumi- PDB-7m0e: Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7m0e | |||||||||
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Title | Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Nonhomologous end-joining / Base Excision Repair | |||||||||
Function / homology | Function and homology information DNA biosynthetic process / Lyases; Carbon-oxygen lyases; Other carbon-oxygen lyases / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / Lyases; Carbon-oxygen lyases; Other carbon-oxygen lyases / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | |||||||||
Authors | Kaminski, A.M. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Analysis of diverse double-strand break synapsis with Pol lambda reveals basis for unique substrate specificity in nonhomologous end-joining. Authors: Kaminski, A.M. / Chiruvella, K.K. / Ramsden, D.A. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7m0e.cif.gz | 669 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7m0e.ent.gz | 481.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7m0e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7m07C 7m09C 7m0aC 7m0bC 7m0dC 2pfoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38719.156 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POLL / Plasmid: pGEXM / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 (DE3) References: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Other carbon-oxygen lyases |
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-DNA chain , 3 types, 12 molecules GKOTFJNRHLPU
#2: DNA chain | Mass: 2123.412 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 1809.217 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 6 types, 372 molecules
#5: Chemical | ChemComp-DUP / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-NA / #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2020 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 75755 / % possible obs: 91.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.92 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 17.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 3835 / CC1/2: 0.567 / CC star: 0.851 / Rsym value: 0.848 / Χ2: 0.417 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PFO Resolution: 2.25→38.16 Å / SU ML: 0.2804 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 23.5635 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→38.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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