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万見
- PDB-4s0u: Crystal structure of NKG2D in complex with ULBP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s0u
タイトルCrystal structure of NKG2D in complex with ULBP6
要素
  • NKG2-D type II integral membrane protein
  • Retinoic acid early transcript 1L protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Leukaemia / Graft versus Leukaemia / c-type lectin domain / NKG2D / NKG2DL / affinity and autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / DAP12 interactions / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / DAP12 signaling / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NKG2-D type II integral membrane protein / UL16-binding protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Mohammed, F. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2017
タイトル: A disease-linked ULBP6 polymorphism inhibits NKG2D-mediated target cell killing by enhancing the stability of NKG2D ligand binding.
著者: Zuo, J. / Willcox, C.R. / Mohammed, F. / Davey, M. / Hunter, S. / Khan, K. / Antoun, A. / Katakia, P. / Croudace, J. / Inman, C. / Parry, H. / Briggs, D. / Malladi, R. / Willcox, B.E. / Moss, P.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKG2-D type II integral membrane protein
B: NKG2-D type II integral membrane protein
C: Retinoic acid early transcript 1L protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2223
ポリマ－49,2223
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.300, 80.000, 73.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor


分子量: 14577.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D12S2489E, KLRK1, NKG2D / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26718
#2: タンパク質 Retinoic acid early transcript 1L protein / ULBP6


分子量: 20066.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAET1L, ULBP6 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5VY80
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 1500, 0.1M PCB, VAPOR DIFFUSION, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→18.7 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 43.641 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 18.17
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.50.5623.94189781989194.8
2.5-2.60.4395.43189121764198.8
2.6-2.70.3356.95165261528199.3
2.7-2.80.2917.91142181317199.2
2.8-2.90.2259.85125781157199.4
2.9-30.19311.410600982199.9
3-3.30.13115.52251092317199.5
3.3-3.50.10119.33123311141199.3
3.5-40.08227.31205061910197.9
4-50.05137.8197901928198.9
5-60.05239.248944869199.9
6-100.04641.449472940199.8
10-18.70.03949.112125227183.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→18.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.2133 / FOM work R set: 0.7675 / SU B: 9.436 / SU ML: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 0.594 / SU Rfree: 0.3129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 876 4.8 %RANDOM
Rwork0.2383 ---
obs0.2406 17190 94.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.72 Å2 / Biso mean: 39.706 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.06 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→18.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 0 88 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.023481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9394729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6885421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55625.19158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83315578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.677158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212653
LS精密化 シェル解像度: 2.349→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 26 -
Rwork0.304 518 -
all-544 -
obs--39.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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