PDB-7lye: Myotoxin I from Bothrops moojeni co-crystallized with synthetic i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lye

タイトル

Myotoxin I from Bothrops moojeni co-crystallized with synthetic inhibitor Varespladib (LY315920)

要素

Basic phospholipase A2 homolog BomoTx

キーワード

TOXIN / Myotoxin I / MjTX-I / PLA2-like

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops moojeni (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.758 Å

データ登録者

Salvador, G.H.M. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: The synthetic varespladib molecule is a multi-functional inhibitor for PLA 2 and PLA 2 -like ophidic toxins.
著者: Salvador, G.H.M. / Borges, R.J. / Lomonte, B. / Lewin, M.R. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2021年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lye.cif.gz	218.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lye.ent.gz	177 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lye_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lye_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7lye_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	7lye_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7lye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7lye	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ce2S 3t0r 6pwh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t0r-d 6kty-1 1o77-1 6yz2-d 4jio-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 homolog BomoTx

B: Basic phospholipase A2 homolog BomoTx

C: Basic phospholipase A2 homolog BomoTx

D: Basic phospholipase A2 homolog BomoTx

ヘテロ分子

57.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.749, 128.595, 67.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-331- HOH
2	1	A-423- HOH
3	1	B-307- HOH
4	1	B-324- HOH
5	1	B-362- HOH
6	1	B-368- HOH
7	1	C-306- HOH

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog BomoTx / svPLA2 homolog 分子量: 13839.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 組織: Venom Gland / 参照: UniProt: A0A1S5XW05
#2: 化合物	ChemComp-VRD / ({3-[amino(oxo)acetyl]-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-4-yl}oxy)acetic acid / Varespladib / バレスプラジブ分子量: 380.394 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 32% w/v PEG4000, 0.1 M Tris HCl, 0.1 M lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.758→32.483 Å / Num. obs: 328716 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 19.98
反射シェル	解像度: 1.758→1.82 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 49048 / CC_1/2: 0.584 / CC star: 0.859 / R_pim(I) all: 0.604 / R_rim(I) all: 0.159 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.33 Å	47.6 Å
Translation	6.33 Å	47.6 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PHENIX	1.13-2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CE2

6ce2

解像度: 1.758→32.483 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	3940	4.08 %
R_work	0.1936	92550	-
obs	0.1948	96490	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.4 Å² / B_iso mean: 45.3403 Å² / B_iso min: 20.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.758→32.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3735	0	136	447	4318
B_iso mean	-	-	40.21	45.7	-
残基数	-	-	-	-	488

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.758-1.779	0.377	136	0.3845	3224	94
1.779-1.8015	0.3799	138	0.3628	3242	98
1.8015-1.8252	0.3446	140	0.3373	3363	98
1.8252-1.8502	0.3427	140	0.3289	3245	98
1.8502-1.8767	0.3156	141	0.2975	3350	98
1.8767-1.9047	0.3217	140	0.3083	3240	98
1.9047-1.9344	0.3398	142	0.2841	3291	98
1.9344-1.9661	0.3116	143	0.2761	3339	99
1.9661-2	0.2902	139	0.2667	3306	98
2-2.0364	0.269	141	0.2701	3319	99
2.0364-2.0756	0.3217	140	0.259	3269	98
2.0756-2.1179	0.3088	142	0.2481	3300	99
2.1179-2.164	0.3169	144	0.2405	3347	99
2.164-2.2143	0.2573	137	0.2216	3283	99
2.2143-2.2696	0.2924	143	0.2219	3380	99
2.2696-2.331	0.2349	140	0.2136	3325	99
2.331-2.3996	0.2146	144	0.2012	3313	100
2.3996-2.477	0.2362	137	0.201	3360	100
2.477-2.5655	0.2224	143	0.2038	3342	100
2.5655-2.6682	0.2475	142	0.2065	3327	99
2.6682-2.7895	0.2286	143	0.1948	3340	99
2.7895-2.9365	0.2089	141	0.1965	3284	98
2.9365-3.1203	0.2429	143	0.1959	3308	99
3.1203-3.361	0.1928	142	0.1806	3331	99
3.361-3.6988	0.2328	137	0.161	3181	95
3.6988-4.2331	0.1654	145	0.144	3322	99
4.2331-5.3294	0.1624	144	0.1414	3345	100
5.3294-32.483	0.1885	133	0.1617	3274	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0861	-1.9102	1.16	5.2576	-1.8644	2.1787	0.1954	0.192	0.4992	-0.0095	-0.1205	-0.6064	0.0411	0.2162	0.0425	0.272	-0.0356	0.0129	0.3022	-0.0523	0.3474	-0.0556	17.3998	65.4688
2	4.3801	-1.564	0.3153	3.7538	-0.5976	4.756	-0.0141	-0.177	-0.5521	0.0128	0.0641	0.1723	0.1762	-0.0082	-0.0834	0.1739	0.0152	-0.0374	0.2188	-0.008	0.3746	-0.7838	4.3384	72.6093
3	6.3725	0.3731	-1.0828	2.7193	0.8459	7.5079	-0.1631	0.8109	-0.9317	-1.0093	0.0875	-0.3535	0.0172	0.2632	-0.0698	0.5257	0.062	-0.119	0.4507	-0.1987	0.5271	-7.6699	5.8147	56.4701
4	2.2238	-1.3197	-0.298	3.271	-0.1363	1.2853	0.0203	0.0626	-0.0644	-0.1335	0.0021	0.276	-0.1207	0.0316	-0.0832	0.2585	-0.0042	-0.0699	0.2633	-0.0478	0.3815	-7.9653	15.0582	68.1492
5	4.7497	6.4006	-1.1881	2.0996	-1.3023	3.3687	-0.2429	-0.0893	0.3611	-0.5734	0.0807	0.0277	-0.1495	0.2748	0.216	0.3801	0.0535	0.0518	0.4466	0.0619	0.8052	6.8272	0.7932	75.0584
6	4.8045	1.1599	1.583	8.5531	1.6532	8.6915	-0.1703	0.5616	-0.3304	-0.0247	-0.0634	0.1174	0.532	0.4712	0.2058	0.2781	-0.0442	0.0542	0.2998	-0.0418	0.2192	-0.9995	35.6128	64.6471
7	2.8784	-0.6023	0.987	4.32	-2.2727	2.544	-0.0237	0.3008	0.1069	0.4999	-0.0427	0.8835	-0.2289	0.0543	0.0257	0.2399	-0.0584	0.106	0.2735	-0.0499	0.3834	-8.7431	46.0398	59.4502
8	6.5752	-0.7671	-0.0403	5.1342	-1.0905	5.8586	0.5353	-0.127	0.3452	0.3716	-0.5755	-0.1596	-0.5289	0.3203	0.0186	0.4922	-0.1811	-0.013	0.4019	-0.0015	0.2973	5.3849	47.2904	69.6643
9	1.9252	-0.9571	-0.4455	5.4521	-1.7042	0.9254	0.4619	-0.2218	0.039	1.2616	-0.1842	-0.0397	-0.3674	0.5291	-0.2178	0.4725	-0.1445	0.0343	0.4181	-0.0032	0.2433	-0.9987	33.6753	75.7322
10	4.2567	-0.0993	1.587	3.6879	-0.4351	3.8374	0.1875	0.1089	-0.1433	0.6309	-0.0663	0.7956	-0.1073	0.0249	-0.028	0.4373	-0.0671	0.1879	0.2284	-0.0441	0.4298	-9.1503	40.1744	64.7695
11	3.8114	-5.2355	1.0375	7.842	-1.7687	0.4471	-0.0633	0.9421	0.4079	-0.7855	-0.1943	0.4456	0.0373	0.059	0.2029	0.5821	-0.0254	-0.1254	0.6654	-0.1981	0.5356	-11.0531	46.6805	46.9431
12	8.4077	-5.8603	1.0423	7.5032	-0.5682	3.2525	-0.2274	-0.5366	-0.2726	1.0195	0.4766	0.8497	0.4315	-1.0449	-0.2462	0.4023	-0.0349	0.1209	0.3456	0.0045	0.4887	-14.2109	57.2145	59.1335
13	1.1039	0.3658	-0.4357	5.1058	-0.1609	6.686	-0.0274	0.0919	-0.1287	-0.0388	0.0727	-0.6334	0.6851	0.3179	-0.1162	0.503	-0.0814	-0.0667	0.4049	0.0093	0.4055	17.6119	53.3813	92.6252
14	3.641	1.3757	1.008	6.8133	0.05	7.2587	-0.0088	0.1082	0.4078	0.3994	0.5261	0.3028	-0.5393	-0.3096	-0.4391	0.5572	-0.0698	-0.0175	0.3803	0.1016	0.3255	11.0002	64.1453	92.7604
15	4.1472	1.382	0.161	4.5387	-1.0073	3.6414	0.2222	-0.7289	0.0843	0.8076	-0.4078	-0.337	-0.0926	0.325	0.1476	0.8221	-0.1214	-0.1814	0.4876	0.0453	0.3521	17.0326	53.5761	106.1495
16	4.8001	2.4765	1.7044	3.0925	3.8439	5.4725	-0.161	-0.7789	0.3062	0.9196	-0.7112	-0.3834	0.1701	0.2714	0.2679	1.0716	-0.15	-0.2157	0.4596	0.0617	0.3122	13.5366	52.9777	111.3003
17	2.3987	1.0425	0.078	2.9936	0.2594	6.0262	0.0302	-0.121	-0.0912	0.1532	0.2556	-0.097	0.0412	-0.7485	-0.2252	0.6156	-0.1213	-0.0758	0.3586	0.0817	0.3045	10.4657	54.7465	95.4566
18	6.1678	-0.7388	2.6958	5.8238	-1.2667	5.803	-0.2957	2.0454	-0.6689	-0.6537	-1.199	-0.4714	-0.3032	0.6808	1.3222	0.9028	-0.1267	0.1174	1.1339	-0.0667	0.5742	18.1474	62.7875	78.5747
19	9.2019	-3.3504	-5.3599	6.4484	3.5389	3.5978	-0.563	0.7467	0.1331	0.4992	0.3794	0.8979	0.2335	-1.2881	-0.1248	0.7279	-0.0498	0.0084	0.4825	0.1572	0.4314	10.3313	72.7513	88.8707
20	4.0213	0.3328	-0.7573	1.9265	-0.3351	1.0387	-0.9052	0.9386	-0.4807	-0.5217	0.4495	-0.1244	-0.4415	0.155	0.3147	1.0089	-0.4098	0.0884	0.5725	-0.1061	0.3573	17.0537	32.4863	95.8452
21	1.7729	-1.8619	1.4576	2.7063	-0.3589	4.4947	-0.1415	0.139	-0.165	-0.5037	0.4463	-0.176	0.2268	0.2443	-0.3538	0.5501	-0.0992	-0.0046	0.3628	-0.0821	0.2998	16.1119	22.04	104.8329
22	2.542	-1.0232	1.1786	2.0782	-0.6783	0.6408	-0.0356	0.6995	-0.5669	-1.4953	0.2705	0.2347	-0.2072	0.5484	-0.2909	1.31	-0.3185	0.0165	0.6572	-0.0371	0.3825	13.1436	28.2268	88.2675
23	1.8707	-0.9043	-0.6089	2.4034	1.4696	4.4268	-0.0144	0.2172	-0.0927	-0.6147	0.284	-0.0799	-0.1696	-0.1847	-0.1494	0.7499	-0.1667	-0.0545	0.3499	0.009	0.2591	11.3406	27.5043	101.3295
24	1.4083	1.9452	-1.8384	7.9711	0.0488	4.0616	-0.0626	-0.8483	0.0768	0.0741	-0.0545	-0.9786	-0.0203	0.0299	0.0746	0.5814	0.0614	-0.202	0.4827	-0.1274	0.5265	19.7748	16.636	111.9051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 53 )	A	22 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 65 )	A	54 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 107 )	A	66 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 122 )	A	108 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	1 - 13
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 53 )	B	14 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 65 )	B	54 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 79 )	B	66 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 107 )	B	80 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 108 through 115 )	B	108 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 116 through 122 )	B	116 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 31 )	C	1 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 32 through 53 )	C	32 - 53
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 54 through 72 )	C	54 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 73 through 79 )	C	73 - 79
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 80 through 107 )	C	80 - 107
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 108 through 115 )	C	108 - 115
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 116 through 122 )	C	116 - 122
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1 through 13 )	D	1 - 13
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 14 through 53 )	D	14 - 53
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 54 through 79 )	D	54 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 80 through 107 )	D	80 - 107
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 108 through 122 )	D	108 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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