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- PDB-7lyd: Crystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lyd
タイトルCrystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN0075146
要素
  • GP1
  • GP2
キーワードVIRAL PROTEIN / SSGCID / Envelope glycoprotein / Zaire ebolavirus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YOD / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ebola zaire Envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN0075146
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,62410
ポリマ－51,2322
非ポリマー2,3928
水3,243180
1
A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子

A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子

A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,87230
ポリマ－153,6956
非ポリマー7,17724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area36450 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area49250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.170, 114.170, 308.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GP1


分子量: 32309.303 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed N-terminal domain / 変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 GP2


分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed C-terminal domain / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05320

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 183分子

#5: 化合物 ChemComp-YOD / (1R,3S,5S,7S)-N-[(1r,4R)-4-aminocyclohexyl]-3-[(methylsulfanyl)methyl]-5-phenyladamantane-1-carboxamide


分子量: 412.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H36N2OS
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細Residues in the C-terminal portion of chain A were difficult to identify, and so were modeled as ...Residues in the C-terminal portion of chain A were difficult to identify, and so were modeled as UNK. The actual sequence for chain A is: ETGRSIPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVSTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen A11: 10% (w/V) PEG 4000, 20% (V/V) glycerol, 30mM of each magnesium chloride and calcium chloride, 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: EbzaA.19907.a. ...詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen A11: 10% (w/V) PEG 4000, 20% (V/V) glycerol, 30mM of each magnesium chloride and calcium chloride, 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: EbzaA.19907.a.HE11.PD38351 at 10.61 mg/ml: over night soak with 1mM compound ARN0075146 (BSI110990): tray 313149a11, cryo: direct: puck hdp6-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 32679 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.824 % / Biso Wilson estimate: 54.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 22.26
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.91 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 2366 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6F5U

6f5u


解像度: 2.35→41.63 Å / SU ML: 0.267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.961
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 2032 6.23 %0
Rwork0.177 ---
obs0.179 32635 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 158 180 3106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7364119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.31054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.40.29731320.26112003X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.460.29191170.23972012X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.530.27991360.22012026X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.610.24071340.20242014X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.690.21831380.19241999X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.790.24391480.19952038X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.90.28221260.19662009X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.030.19691570.1812005X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.21961310.17782027X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.390.21071220.18762063X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.650.19611490.17262012X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.020.18241420.15432054X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.60.15281230.13372082X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.790.19121510.16162080X-RAY DIFFRACTION100
5.79-41.630.211260.19882179X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5394-2.26231.37567.3042-1.95046.6346-0.6342-2.0747-1.30671.49121.0730.48380.5944-1.3515-0.39310.77330.00530.13640.66920.09080.4025-57.152511.62760.6838
29.31613.7452-4.84578.98991.01997.2091-0.6924-0.3565-1.45971.29750.1526-0.12771.6102-0.94680.49661.10550.05770.1370.84670.10020.6782-57.931319.90046.3543
31.9228-0.620.00021.95870.64483.8394-0.01220.152-0.1599-0.1974-0.11510.01950.4215-0.07080.11920.3903-0.01980.040.25160.01590.3115-55.234612.6382-26.5834
41.1823-0.53-0.89755.24613.64038.1665-0.15890.1667-0.1047-0.4372-0.0962-0.0650.60930.46920.22860.47870.06860.08430.28410.07870.3926-51.28615.9604-29.8044
55.15940.8607-0.77967.51271.41898.7874-0.43170.1474-0.6965-0.182-0.0177-0.17381.38970.38860.47711.040.14090.17950.4339-0.030.5234-44.5141-5.5689-39.1015
60.80591.1431.17264.97433.72933.0735-0.18190.214-0.1861-0.19130.026-0.291.76370.6160.15171.05650.2570.12190.56640.00420.6471-46.1945-7.249-38.3563
76.53432.95790.40795.5354-0.93864.5541-0.0498-0.118-0.48050.6027-0.0371-0.06320.93940.0580.08660.72460.04190.07290.32660.04150.4049-50.53734.0045-10.3394
87.22345.79941.93374.66981.27682.33722.0761-2.4069-0.10461.9429-1.90140.20680.49741.033-0.11080.7282-0.18060.02430.88480.12131.1827-33.93826.4546-12.7556
91.65442.6508-1.13984.9702-1.29191.0162-0.130.008-0.2184-0.0378-0.0337-0.68520.18150.08340.18280.39220.1130.01490.54370.06830.525-36.416120.4039-17.7303
102.7775-1.02680.22953.8524-0.92863.2248-0.1448-0.1929-0.08780.24390.03590.11720.3167-0.29030.0850.3964-0.05540.04480.3491-0.01620.3719-59.573314.9485-12.095
117.5914-0.99150.0875.2804-0.43896.4319-0.0967-1.3902-0.3991.4772-0.12630.74120.4727-1.16490.15230.7436-0.05560.07410.63780.04610.4518-60.495827.22798.1739
120.05270.0635-0.07740.0648-0.07690.10080.0627-0.17360.40840.8355-0.7045-0.31241.67910.16690.57381.6633-0.2188-0.243.3846-0.34520.9844-50.128530.45635.7339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 31 THROUGH 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 46 THROUGH 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 60 THROUGH 176 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 177 THROUGH 237 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 263 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 264 THROUGH 293 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 502 THROUGH 519 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 520 THROUGH 529 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 530 THROUGH 550 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 551 THROUGH 583 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 584 THROUGH 612 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 613 THROUGH 629 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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