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- PDB-7ly8: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimuriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ly8
タイトルThe internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with two molecules of N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the enzyme alpha-site, a single F6F molecule at the enzyme beta-site, and sodium ion at the metal coordination site at 1.55 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / inhibitor / internal aldimine / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM097569-06A1 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with two molecules of N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) ...タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with two molecules of N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the enzyme alpha-site, a single F6F molecule at the enzyme beta-site, and sodium ion at the metal coordination site at 1.55 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring.
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,40717
ポリマ－71,6182
非ポリマー1,78915
水10,917606
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Tryptophan Synthase complex (alpha2-beta2). TS is a tetramer in solution and composed of two alpha-chains and two beta-chains.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.645, 58.800, 67.205
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpB / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 7種, 621分子

#3: 化合物 ChemComp-F6F / 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZOYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F6 / りん酸二水素2-(4-トリフルオロメトキシベンゾイル)アミノエチル


分子量: 329.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11F3NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 % / 解説: large plate-like crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8
PH範囲: 7.60-8.00 / Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年1月5日 / 詳細: VariMax HighFlux
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→91.455 Å / Num. obs: 99219 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.051 / Net I/av σ(I): 7.6 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.631.70.2992.418516109800.3120.4760.2991.673
1.63-1.732.80.3092.438955140460.2190.3820.3092.898.8
1.73-1.852.90.2233.238443133480.1540.2690.223499.6
1.85-22.90.1454.836178124440.1030.180.145699.8
2-2.192.90.1026.333973115230.0710.1250.1028.699.9
2.19-2.4530.074831094104450.0530.0920.07410.999.9
2.45-2.8330.05610.32763292130.0390.070.05613.499.9
2.83-3.4730.04213.52375078010.0310.0540.04217.399.9
3.47-4.93.10.0312.71858560680.0220.040.0321.199.7
4.9-36.8230.02116.51018133510.0180.0320.02120.498.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.504
最高解像度最低解像度
Rotation36.82 Å1.81 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 99152
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.4-10029.50.933670
5.94-8.4370.9311211
4.85-5.9433.10.9071564
4.2-4.8522.50.9381843
3.76-4.222.20.9362089
3.43-3.7620.80.9352312
3.18-3.4321.80.9222521
2.97-3.1822.70.9152679
2.8-2.9721.70.9192843
2.66-2.8210.9163024
2.53-2.6620.70.9183185
2.43-2.5320.70.9143299
2.33-2.4319.50.9213435
2.25-2.3318.60.9193586
2.17-2.2518.90.9243695
2.1-2.1718.50.9333830
2.04-2.118.20.9323970
1.98-2.0419.30.934065
1.93-1.9818.70.9334169
1.88-1.9320.80.9164297
1.83-1.8822.30.914393
1.79-1.8323.70.9084478
1.75-1.7923.70.9064594
1.71-1.7524.30.9044665
1.68-1.7125.40.94745
1.65-1.6827.20.8844869
1.62-1.6529.30.8684673
1.59-1.6231.60.8453986
1.55-1.5936.60.8114462

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.5.902データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
直接法7.0.078位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HT3

4ht3


解像度: 1.55→36.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.317 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0789 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 4999 5 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1738 94154 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.13 Å2 / Biso mean: 21.956 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.26 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→36.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 0 107 627 5591
Biso mean--29.17 32.69 -
残基数----646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.6347144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9485687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57922.385260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90115842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9741532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024097
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 236 -
Rwork0.311 4535 -
all-4771 -
obs--62.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46780.25380.33680.35530.16770.75080.0042-0.09240.154-0.0036-0.02940.0304-0.1277-0.04290.02520.0358-0.01270.02260.0371-0.03060.085138.63317.60211.702
20.82770.3822-0.12770.6502-0.27230.15520.0515-0.0444-0.0377-0.0392-0.0599-0.0148-0.02230.03440.00850.0604-0.01280.00410.06190.0020.030639.1192.3437.023
30.30960.16980.16691.98850.82140.49870.0747-0.1748-0.07710.0364-0.0528-0.07880.0057-0.0343-0.02180.0265-0.0409-0.0310.14010.03460.0448.2914.56620.92
44.573-3.65312.52616.2324-0.77131.8762-0.3116-0.04060.18970.10370.1648-0.0765-0.26870.05570.14680.1431-0.0911-0.04230.09160.01190.019950.4623.9720.223
50.29710.030.02060.0036-0.01040.3617-0.0213-0.0376-0.025-0.0012-0.0059-0.00480.03050.01520.02720.04730.0052-0.01230.05160.01050.031412.184-14.17724.775
61.104-0.1096-0.59920.7791-0.42460.6830.20720.03530.18460.0418-0.06530.0632-0.0890.0575-0.14190.10110.00910.02810.07590.0090.043814.8053.02233.106
70.17620.1026-0.11130.13340.06370.313-0.0051-0.0378-0.0097-0.00650.0024-0.00220.0290.07350.00270.04820.0012-0.01780.0740.00610.034316.093-9.76823.979
80.27880.0567-0.08030.0239-0.00390.13610.00970.03340.0340.0072-0.01340.0040.01410.01270.00370.0492-0.0046-0.00830.05630.00530.04269.52-4.20510.57
90.6025-0.1402-0.23630.04390.0580.5047-0.00320.0190.0465-0.01620.013-0.0027-0.00850.0023-0.00980.047-0.0049-0.01190.04880.00720.03432.409-4.1712.569
100.17980.1314-0.05980.16840.19730.86370.04250.0160.01570.00480.0193-0.0087-0.0658-0.0529-0.06190.05440.00330.00110.0773-0.00120.0268-6.477-2.87916.373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4A248 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6B101 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7B166 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8B221 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9B302 - 343
10X-RAY DIFFRACTION10B344 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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