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- PDB-7lx0: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lx0
タイトルQuantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light
要素
  • (Photosystem I ...) x 10
  • PSI subunit V
  • Photosystem one PsaX
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Far-red light / Chlorophyll f
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XI ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XI / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem one PsaX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Gisriel, C.J. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: BBA Adv / 年: 2021
タイトル: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light
著者: Gisriel, C.J. / Huang, H.L. / Reiss, K.M. / Flesher, D.A. / Batista, V.S. / Bryant, D.A. / Brudvig, G.W. / Wang, J.
履歴
登録2021年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
N: Photosystem I iron-sulfur center
O: Photosystem I protein PsaD
P: Photosystem I reaction center subunit IV
Q: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
R: photosystem I subunit VIII
S: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
T: Photosystem I reaction center subunit PsaK
U: PSI subunit V
V: Photosystem I reaction center subunit XII
W: Photosystem one PsaX
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I protein PsaD
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
i: photosystem I subunit VIII
j: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK
l: PSI subunit V
m: Photosystem I reaction center subunit XII
x: Photosystem one PsaX
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I protein PsaD
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
I: photosystem I subunit VIII
J: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: PSI subunit V
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem one PsaX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,119,610408
ポリマ－823,13936
非ポリマー296,471372
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 10種, 30分子 GaAHbBNcCOdDPeEQfFRiISjJTkKVmM

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA / photosystem I core protein PsaA


分子量: 87627.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FME9, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB / photosystem I core protein PsaB


分子量: 83450.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6KXB6, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8853.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FW50, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I protein PsaD


分子量: 17776.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FW99
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 8070.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FQU3
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III


分子量: 17788.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FMD3
#7: タンパク質 photosystem I subunit VIII


分子量: 7735.956 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6MR25
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ


分子量: 5435.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FMD2
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit PsaK


分子量: 4494.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3471.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FWT6

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タンパク質 , 2種, 6分子 UlLWxX

#10: タンパク質 PSI subunit V / PSI-L / Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 18543.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2N6L446
#12: タンパク質 Photosystem one PsaX


分子量: 11132.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
参照: UniProt: G6FSH2

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糖 , 1種, 6分子

#21: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 9種, 366分子

#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物
ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium


分子量: 905.457 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#22: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細The full sequence of PsaK is MSSILLAAAATVPPTAEWSPKVALIISISCLVAVLLSFRIEKPKVGPKMPGLPLSIPTFV ...The full sequence of PsaK is MSSILLAAAATVPPTAEWSPKVALIISISCLVAVLLSFRIEKPKVGPKMPGLPLSIPTFV AAMAFGHVIGVAIVLGLTNIGKI

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I adapted to far-red light / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 57.328 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201104 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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