PDB-7lwz: Apo Structure of Vibrio cholerae dGTPase protein VC1979

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lwz

タイトル

Apo Structure of Vibrio cholerae dGTPase protein VC1979

要素

Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

キーワード

HYDROLASE / METALLOENZYME / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

dGTPase activity / dGTP catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Sikkema, A.P. / Horng, J. / Klemm, B.P. / Schaaper, R.M. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Vibrio cholerae dGTPase protein VC1979
著者: Sikkema, A.P. / Horng, J. / Klemm, B.P. / Schaaper, R.M. / Hall, T.M.T.

履歴

登録	2021年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lwz.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lwz.ent.gz	767.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pgsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	23355 4ry3-2 23356 5jsb-d 5hq2-d 4guv-d 2pgs-1 5fb3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

A: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

D: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

C: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

F: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

E: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1

ヘテロ分子

301 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.003, 161.869, 184.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein 1 分子量: 50159.805 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_1979 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KQL9
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 % 解説: Crystal were approximately 200um with an orthorhombic pyramidal morphology. Grew under precipitate.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein solution (15mg/mL dGTPase, 50mM Tris pH 7.9, 100mM NaCl, 10% glycerol) mixed 1:1 with well solution (0.95M NaCl, 7mM NiCl2, 0.06M Na Acetate). Cryo condition was well solution with ...詳細: Protein solution (15mg/mL dGTPase, 50mM Tris pH 7.9, 100mM NaCl, 10% glycerol) mixed 1:1 with well solution (0.95M NaCl, 7mM NiCl2, 0.06M Na Acetate). Cryo condition was well solution with 30% ethylene glycol added.

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
解説: Crystal were approximately 200um with an orthorhombic pyramidal morphology. Grew under precipitate.

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein solution (15mg/mL dGTPase, 50mM Tris pH 7.9, 100mM NaCl, 10% glycerol) mixed 1:1 with well solution (0.95M NaCl, 7mM NiCl2, 0.06M Na Acetate). Cryo condition was well solution with ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→37.86 Å / Num. obs: 270862 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 65.21 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 11.15
反射シェル	解像度: 2.32→2.46 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 42766 / CC_1/2: 0.481 / R_rim(I) all: 1.64 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PGS

2pgs

解像度: 2.32→37.86 Å / SU ML: 0.4081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.1055
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	11887	4.58 %
R_work	0.2184	247401	-
obs	0.22	259288	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→37.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18255	0	6	132	18393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	18654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.149	25280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1524	2784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	3303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.0187	6752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.388	362	0.3992	7515	X-RAY DIFFRACTION	89.41
2.35-2.37	0.3701	394	0.3903	8212	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.37-2.4	0.3935	394	0.3772	8286	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.4-2.43	0.3874	400	0.367	8279	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.43-2.47	0.363	399	0.3608	8314	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.47-2.5	0.377	395	0.3436	8326	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.5-2.54	0.3536	391	0.3352	8107	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.54-2.57	0.3235	399	0.3154	8215	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.57-2.61	0.333	397	0.3137	8315	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.61-2.66	0.3498	398	0.3087	8347	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.66-2.7	0.3316	404	0.3033	8395	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.7-2.75	0.2943	399	0.2906	8329	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.75-2.8	0.3197	409	0.2751	8378	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.8-2.86	0.3283	401	0.2656	8311	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.86-2.92	0.2857	406	0.2591	8379	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.92-2.99	0.3107	405	0.2552	8365	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.99-3.07	0.3165	403	0.2707	8337	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.07-3.15	0.3176	399	0.2723	8299	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.15-3.24	0.3317	400	0.2604	8308	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.24-3.35	0.2636	399	0.2427	8282	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.35-3.47	0.2947	389	0.2373	8303	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.47-3.61	0.2514	402	0.2302	8227	X-RAY DIFFRACTION	98.24
3.61-3.77	0.2425	386	0.1973	8041	X-RAY DIFFRACTION	95.99
3.77-3.97	0.2508	398	0.2017	8251	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.97-4.22	0.238	395	0.181	8306	X-RAY DIFFRACTION	99.04
4.22-4.54	0.1949	392	0.1667	8263	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.54-5	0.1941	393	0.1732	8296	X-RAY DIFFRACTION	98.74
5-5.72	0.2626	390	0.1987	8223	X-RAY DIFFRACTION	98.58
5.72-7.19	0.2224	393	0.2053	8058	X-RAY DIFFRACTION	96.38
7.2-37.86	0.1763	395	0.1665	8134	X-RAY DIFFRACTION	97.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.39568724647	0.245916404819	0.790712651723	2.84252458563	-0.154627406937	2.62483804433	-0.0569641146616	-0.137093124425	0.230754217533	0.428009852757	0.0336134149348	-0.0772571135253	-0.213545055743	0.129832420222	0.00589859163122	0.465334768798	-0.0146830496809	-0.0548073226944	0.398797725471	-0.019150780288	0.386601005601	83.7417935776	112.648866685	70.9511794616
2	4.88033056766	-6.10144638279	-0.0382666629858	9.99261262615	1.12331422835	6.50070262521	-0.00925841423652	0.119323543994	-0.146677444241	0.471652462721	0.271146258607	-2.58159624318	0.0860012412127	0.599198491363	-0.349077784039	0.658480420871	-0.0468647441465	-0.135051313282	0.932560896223	-0.0353693866412	0.976150652609	94.8720812182	107.419287106	57.7590593119
3	0.618254711602	-1.27722726017	1.45402106449	2.87373576455	-4.40678003756	8.52430217912	-0.0554118790771	0.219443337106	0.307661873976	-0.36068640141	0.0507407846487	-0.117317561975	0.241579370966	0.505894257808	-0.000611405680624	0.639527825008	-0.0728142512831	-0.0850410488866	0.733754270395	-0.0453374686104	0.584547418646	93.7611082035	112.327319012	70.2941597073
4	1.42821237519	0.063656852634	0.711021984428	1.92740184639	0.458032616594	2.61427442765	0.113623347649	-0.122046611871	-0.0850172301112	0.409362290559	-0.0645606660942	-0.288053922315	0.323677435164	0.292985556606	-0.0918596026173	0.512202520712	0.0083462123505	-0.0263682241943	0.505317145409	-0.00779509267595	0.503871126758	90.7122263734	97.5855364378	71.8099243959
5	2.39397548861	-0.61883019429	0.181268543425	3.67971994815	0.103720337646	2.05574688848	-0.00202248124592	-0.209658396973	-0.0339329183604	0.274552984493	0.10295224255	0.113872248662	-0.0556108825159	0.12618728737	-0.0814219421971	0.667580918785	0.0378182100208	0.0960721643774	0.506742652131	-0.0403629784086	0.468292986677	69.0717337569	102.581396754	91.5468353893
6	0.756583080305	0.119846681457	1.10901589343	1.74853182579	-1.93723770494	4.63670976383	0.0326038899735	-0.272682300441	0.119322437211	0.601482690583	0.189565872627	0.515796606021	-0.0816199532992	-0.0909955554436	-0.278382494537	0.724453721017	0.0832415864211	0.227697197667	0.623027677295	0.0320510654062	0.761931819777	59.1835556665	105.013370006	94.5619152754
7	2.59629639027	-0.75978464917	0.315931632717	3.35149243191	-0.0126381479239	1.85577926062	0.191531596533	0.179830403171	0.0355502087429	-0.370221764629	-0.145856467591	0.212696402612	0.0946812051774	-0.0553254256444	-0.0458878290259	0.514574130515	-0.00743368027939	0.0235452527278	0.469051436158	-0.0253623542761	0.447397499302	51.9340675539	77.6235955075	27.0321243607
8	9.76094236291	2.10692607646	8.98213104619	6.39390113478	1.03231173123	8.84413960085	-0.653370743054	1.32217531243	2.05684939969	-1.092939622	-0.097719854481	0.544858198395	-0.735796635258	1.29915724048	0.655849084304	0.724063969188	0.0436552707885	0.173901664281	0.889651429203	0.163734582132	0.959570538113	70.59948978	87.6875714002	26.6160173494
9	3.02772046123	-1.67436921628	-1.22984090902	4.41624592803	3.18885775531	4.40156124316	-0.00984843558696	0.508438970523	0.10906802725	-0.792664098554	0.0106258036323	-0.266109447343	0.172611964544	0.515900077829	-0.0477770514785	0.682152531167	0.0410754035221	0.0269980937803	0.56523945368	0.074317999167	0.576130905756	54.0927207345	86.2974361825	22.3206852346
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24	2.56079306291	-0.81457691428	0.969180733632	2.51982338512	-0.124760790238	1.66233907707	-0.215418303336	-0.385600699288	0.310056406917	0.488088897492	0.0840085427793	-0.218652365281	-0.0611512393815	0.0760383334509	0.153863416555	0.548384231045	0.0299995918224	0.0152803728796	0.539688479607	-0.0486575785894	0.544662133547	80.2001953541	54.0420831994	84.0629298165

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 5 through 167)	B	A	5 - 167	1 - 151
2	2	chain 'B' and (resid 168 through 198)	B	A	168 - 198	152 - 161
3	3	chain 'B' and (resid 199 through 264)	B	A	199 - 264	162 - 213
4	4	chain 'B' and (resid 265 through 436)	B	A	265 - 436	214 - 385
5	5	chain 'A' and (resid 6 through 167)	A	B	6 - 167	1 - 150
6	6	chain 'A' and (resid 199 through 264)	A	B	199 - 264	173 - 229
7	7	chain 'D' and (resid 5 through 167)	D	C	5 - 167	1 - 150
8	8	chain 'D' and (resid 168 through 198)	D	C	168 - 198	151 - 167
9	9	chain 'D' and (resid 199 through 264)	D	C	199 - 264	168 - 221
10	10	chain 'D' and (resid 265 through 435)	D	C	265 - 435	222 - 392
11	11	chain 'C' and (resid 6 through 167)	C	D	6 - 167	1 - 147
12	12	chain 'C' and (resid 168 through 198)	C	D	168 - 198	148 - 162
13	13	chain 'F' and (resid 6 through 167)	F	E	6 - 167	1 - 146
14	14	chain 'F' and (resid 193 through 198)	F	E	193 - 198	147 - 152
15	15	chain 'F' and (resid 199 through 264)	F	E	199 - 264	153 - 201
16	16	chain 'E' and (resid 8 through 167)	E	F	8 - 167	1 - 149
17	17	chain 'E' and (resid 168 through 198)	E	F	168 - 198	150 - 174
18	18	chain 'E' and (resid 199 through 264)	E	F	199 - 264	175 - 229
19	19	chain 'A' and (resid 168 through 198)	A	B	168 - 198	151 - 172
20	20	chain 'A' and (resid 265 through 435)	A	B	265 - 435	230 - 400
21	21	chain 'C' and (resid 199 through 264)	C	D	199 - 264	163 - 218
22	22	chain 'C' and (resid 265 through 436)	C	D	265 - 436	219 - 390
23	23	chain 'F' and (resid 265 through 436)	F	E	265 - 436	202 - 373
24	24	chain 'E' and (resid 265 through 435)	E	F	265 - 435	230 - 400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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