PDB-7lvu: Structure of RSV F-directed VHH Cl184

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lvu

タイトル

Structure of RSV F-directed VHH Cl184

要素

F-VHH-Cl184

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / VHH / antibody

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Hsieh, C.-L. / McLellan, J.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: A vulnerable, membrane-proximal site in human respiratory syncytial virus F revealed by a prefusion-specific single-domain antibody.
著者: Rossey, I. / Hsieh, C.L. / Sedeyn, K. / Ballegeer, M. / Schepens, B. / Mclellan, J.S. / Saelens, X.

履歴

登録	2021年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lvu.cif.gz	206.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lvu.ent.gz	165 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lvwC 5vakS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zg1-4 3qxw-1 6z3x-1 5hw6-2 3qxw-2 4b41-1 2x1p-4 1f2x-2 4ipv-2 3qxv-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: F-VHH-Cl184

B: F-VHH-Cl184

C: F-VHH-Cl184

D: F-VHH-Cl184

67.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: F-VHH-Cl184

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: F-VHH-Cl184

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: F-VHH-Cl184

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: F-VHH-Cl184

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.600, 73.600, 221.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-289- HOH

#1: 抗体	F-VHH-Cl184 分子量: 16900.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.0 M ammonium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→73.9 Å / Num. obs: 46193 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / Num. unique obs: 2987 / CC_1/2: 0.814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VAK

5vak

解像度: 1.94→73.6 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	2267	4.92 %
R_work	0.2075	43832	-
obs	0.2088	46099	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.88 Å² / B_iso mean: 30.2735 Å² / B_iso min: 14.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→73.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3730	0	0	354	4084
B_iso mean	-	-	-	36.92	-
残基数	-	-	-	-	490

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.94-1.98	0.2857	155	0.2699	2615	2770	98
1.98-2.03	0.2937	152	0.2574	2640	2792	99
2.03-2.08	0.2751	130	0.2513	2702	2832	100
2.08-2.14	0.2431	144	0.2316	2685	2829	100
2.14-2.2	0.2765	131	0.2362	2692	2823	100
2.2-2.27	0.2175	146	0.2399	2710	2856	100
2.27-2.35	0.2578	135	0.2311	2715	2850	100
2.35-2.45	0.3179	144	0.2421	2709	2853	100
2.45-2.56	0.2798	134	0.2367	2733	2867	100
2.56-2.69	0.2276	140	0.2303	2711	2851	100
2.69-2.86	0.2629	129	0.2201	2753	2882	100
2.86-3.08	0.2421	118	0.2134	2780	2898	100
3.08-3.39	0.2118	150	0.2028	2752	2902	100
3.39-3.88	0.2062	178	0.177	2773	2951	100
3.88-4.89	0.1868	139	0.1566	2836	2975	100
4.89-73.6	0.2268	142	0.2019	3026	3168	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8135	0.8507	-1.1782	2.5472	-0.3247	3.7671	0.0732	-0.1625	0.1788	0.0383	-0.0256	-0.1077	-0.1494	0.4213	-0.0067	0.0715	-0.0144	0.0041	0.0964	-0.0225	0.1287	-30.637	13.232	-14.884
2	2.7807	-0.4988	-0.3502	3.851	0.0898	4.7534	-0.0257	-0.2228	0.1134	0.1088	0.1744	0.0198	-0.2986	0.2502	-0.0511	0.127	-0.0455	-0.0066	0.1792	-0.043	0.1181	-10.612	-13.093	-16.816
3	3.9045	-0.9532	1.2928	2.3913	0.5511	3.5633	0.2307	0.3961	-0.1139	-0.2836	-0.1336	0.0324	0.0681	0.119	-0.0514	0.2864	0.0375	0.0263	0.1383	-0.0326	0.1477	-32.043	3.456	-39.978
4	2.5158	-0.671	-1.8003	3.8638	1.1902	4.414	0.045	-0.2744	0.3364	-0.3757	0.1825	-0.1623	-0.9317	0.775	-0.0376	0.3205	-0.2068	0.0208	0.2544	-0.0528	0.197	-4.85	-14.662	-43.395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:113 )	A	2 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:113 )	B	1 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 2:113 )	C	2 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:113 )	D	1 - 113

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)